"Le gouvernement est inquiet des attaques signalées contre des ressortissants étrangers au KwaZulu-Natal (nord-est) et au Limpopo (nord)", a déclaré le ministère de l'Information dans un communiqué publié jeudi soir.
Il a exigé que "les auteurs de ces actes de violences soient traduits en justice".
La police de la province côtière du KwaZulu-Natal a expliqué qu'une centaine de personnes avaient attaqué dimanche soir des magasins appartenant à des étrangers.
Les incidents se sont poursuivis jusqu'à mardi, a précisé à l'AFP un porte-parole de la police Thulani Zwane, ajoutant que des manifestants avaient "chassé des ressortissants étrangers de leurs maisons".
Une personne a été tuée dans ces violences, selon la police qui n'a pas précisé s'il s'agissait d'un Sud-Africain ou d'un ressortissant étranger.
Mercredi, environ 300 immigrés ont trouvé refuge dans une mosquée à Durban (nord-est), a constaté un photographe de l'AFP.
L'Afrique du Sud, économie subsaharienne la plus développée, est régulièrement le théâtre de violences xénophobes, qui sont nourries par le fort taux de chômage et la pauvreté.
Le pays accueille des millions de ressortissants étrangers, notamment des réfugiés économiques et politiques venus d'Afrique (Mozambique, Zimbabwe, Somalie, Ethiopie...).
En 2015, sept personnes ont été tuées lors de pillages visant des commerces tenus par des étrangers à Johannesburg et à Durban. En 2008, des émeutes xénophobes avaient fait 62 morts dans le pays.