Le navire, transportant 87 hommes dont huit mineurs, est attendu "au cours de la matinée" au port d'Algésiras, à l'extrême sud du pays, en face de Gibraltar, a déclaré une porte-parole de l'ONG jointe par l'AFP.
L'Italie a interdit l'entrée dans ses ports aux navires des ONG qui sillonnent la Méditerranée à la recherche d'embarcations de migrants.
L'organisation a assuré sur son compte Twitter que beaucoup des migrants recueillis "proviennent de l'enfer du Darfour (au Soudan) et ont subi des abus de manière répétée en Libye". Le Darfour est le théâtre depuis de longues années d'une guerre intestine.
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Aussi, sept semaines après avoir accueilli l'Aquarius au port de Valence, l'Espagne ouvrira une nouvelle fois un de ses ports à un bateau chargé de migrants, alors même que le pays est devenu cette année la première porte d'entrée en Europe d'Africains arrivant par la mer à bord d'embarcations de fortune.
Quand l'Aquarius était arrivé le 17 juin à Valence, avec 630 migrants à bord, l'évènement avait été ultramédiatisé et 2.320 personnes mobilisées pour un accueil très exceptionnel.
Cette fois, à Algésiras, la préfecture d'Andalousie assure qu'il n'y aura "aucun dispositif spécial", et que tout se fera très discrètement, sans accès des médias aux migrants.
"Les médecins et la Croix-Rouge les accueilleront, puis ils seront conduits au commissariat installé dans le port même", a déclaré à l'AFP une porte-parole de la préfecture.
Avec AFP