Une résolution en ce sens, proposée par la Slovaquie au nom de l'Union européenne, a été approuvée par 19 voix pour, 7 contre (dont celle de la Russie) et 21 abstentions.
Les enquêteurs devront "mener une enquête approfondie sur les violations des droits de l'Homme et atteintes à ces droits commises au Burundi depuis avril 2015, notamment pour en évaluer l'ampleur et déterminer s'il s'agit de crimes de droit international".
La durée du mandat de la commission est d'un an. Elle devra présenter ses premières observations lors de la 34e session du Conseil en mars 2017.
Les enquêteurs devront "identifier les auteurs présumés" de ces violations et "formuler des recommandations sur les mesures à prendre pour garantir que les auteurs de ces actes aient à en répondre".
Le Conseil demande la mise en place "sans délai" de la commission et appelle le gouvernement burundais à coopérer.
Cette résolution fait suite à la publication d'un rapport de l'ONU, le 20 septembre, accusant le gouvernement burundais d'être responsable de graves violations des droits, systématiques et constantes, et qui avait mis en garde contre de possibles "crimes contre l'humanité" et un "grand danger de génocide".
Le texte voté vendredi demande aux autorités burundaises de mener des enquêtes "approfondies et indépendantes" sur les graves violations des droits de l'Homme "de sorte que tous les auteurs de ces actes, quelle que soit leur affiliation, aient à en répondre devant un tribunal".
L'ambassadeur du Burundi au Conseil, Renovat Tabu, a fustigé la résolution. Elle "contient beaucoup de mensonges, de contre-vérités et des affirmations fondés sur un rapport très contesté par mon gouvernement", a-t-il dit.
Le diplomate assure que "la situation s'est normalisée" dans son pays et que "la population vaque normalement à ses activités quotidiennes".
"Le Burundi aurait souhaité un projet négocié et regrette que l'UE ne lui ait pas permis, malgré sa demande insistante", a-t-il dit.
Il n'a toutefois pas dit si son pays allait coopérer avec la commission d'enquête.
Le Burundi est plongé dans une grave crise émaillée de violences et de nombreux cas de torture depuis que le président Pierre Nkurunziza a annoncé en avril 2015 sa candidature à un troisième mandat controversé.
Réélu en juillet, il a ainsi violé la Constitution, selon l'opposition, la société civile et une partie de son camp.
Les violences ont déjà fait plus de 500 morts et poussé près de 300.000 personnes à quitter le pays.
Avec AFP