La France et la Guinée équatoriale entretiennent des relations tendues depuis que Teodorin Obiang, vice-président du pays africain, a été condamné à Paris en octobre pour avoir mené un train de vie somptueux avec des fonds publics.
Malabo avait porté le différend devant la CIJ, qui s'est déclarée incompétente sur ce point.
"La Cour n'a pas compétence sur la base de la convention des Nations unies contre la criminalité transnationale organisée", a déclaré le juge président de la CIJ Abdulqawi Ahmed Yusuf, retenant ainsi la requête de la France.
La Guinée-équatoriale dénonçait une violation de l'immunité de Teodorin Obiang qui, selon la justice française, a pillé les caisses de l'Etat avant d'acheter des propriétés luxueuses dans les endroits les plus chers du monde.
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De son côté, Paris a toujours contesté la compétence de la CIJ dans cette affaire et a accusé Malabo de vouloir "paralyser" la procédure pénale française contre M. Obiang.
La Guinée-équatoriale alléguait également que les autorités françaises n'avaient pas eu le droit de perquisitionner une propriété parisienne de six étages de la famille Obiang.
La propriété de luxe, qui dispose d'un cinéma, d'un spa et de robinets en or, serait l'ambassade équato-guinéenne dans la capitale, ce qui est contesté par la France.
La CIJ s'est déclarée "compétente pour se prononcer sur le statut en tant que locaux diplomatiques de l'immeuble" situé au 42 avenue Foch, a poursuivi le juge. La Cour devrait se pencher sur l'affaire lors de prochaines audiences.
Jugé depuis 2016 par contumace devant le tribunal correctionnel de Paris, Teodorin Obiang a écopé de trois ans de prison avec sursis et 30 millions d'euros d'amende, également avec sursis, dans l'affaire dite des "biens mal acquis".
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Selon le tribunal, le fils de Teodoro Obiang, qui dirige la Guinée équatoriale d'une main de fer depuis 1979, s'est frauduleusement bâti en France un patrimoine de plusieurs dizaines de millions d'euros.
Ce patrimoine comprend notamment un hôtel particulier de 4.000 mètres carrés situé dans le XVIe arrondissement, un des quartiers les plus huppés de Paris.
Lors des débats, la France avait assuré en 2016 que Malabo avait tenté de faire passer un immeuble privé pour un bien public à usage diplomatique. En 2012, les autorités françaises ont saisi la propriété.
Voitures de marques prestigieuses, acquisition d'une partie de la collection d'art d'Yves Saint Laurent et de Pierre Bergé pour 18,3 millions d'euros, grands crus, costumes sur mesure: les dépenses somptuaires de Teodorin Obiang en France étaient très éloignées du quotidien du petit pays pétrolier d'Afrique centrale, dont plus de la moitié des habitants vivent sous le seuil de pauvreté.
La condamnation de M. Obiang établit un précédent pour la France qui a longtemps fermé les yeux sur les allégations faites à l'encontre de dirigeants africains accusés de corruption ou de détournement de fonds publics investis dans l'immobilier parisien et les produits de luxe.
La justice française a également enquêté sur des accusations de corruption contre le président de la République du Congo, Denis Sassou Nguesso, et Omar Bongo, l'ancien président du Gabon.
Avec AFP