"Je suis heureux de vous faire savoir que nos relations de travail et notre confiance envers le gouvernement nigérian, nos hôtes, sont intactes", a déclaré Peter Lundberg, dans une conférence de presse à Maiduguri.
"Pour l'instant, nous gardons notre priorité qui est de venir en aide à des millions de personnes vulnérables dans le nord-est du Nigeria", région épicentre des violences dans le conflit avec Boko Haram, a rappelé M. Lundberg, en signe d'apaisement.
Vendredi, l'ONU avait dénoncé véhémentement des "fouilles illégales" menées par une trentaine de soldats en armes, dans son camp de base de Maiduguri, où vit une grande partie du personnel humanitaire de la région.
La fouille faisait suite à des rumeurs concernant la présence supposée d'Abubakar Shekau (le principal chef du groupe islamiste Boko Haram) dans le camp.
L'armée a reconnu avoir mené une opération "sécuritaire" dans trente propriétés de Maiduguri, et a assuré que le Red Roof, le camp des Nations Unies, ne "portait aucun signe de l'ONU".
Les militaires présents lors de la conférence de presse samedi, ont fait savoir qu'ils ne s'exprimeraient pas publiquement.
Dans un communiqué de presse daté de vendredi, le porte-parole militaire Kingsley Samuel s'était félicité du "succès" de l'opération, ajoutant toutefois qu'ils n'avaient "procédé à aucune arrestation car aucun suspect n'a été trouvé."
L'incident a fait réagir un porte-parole de l'ONU à New York, déclarant que l'organisation internationale "avait protesté auprès des autorités" nigérianes. "Le gouvernement nous a fait savoir qu'il s'agissait d'une erreur. Le raid n'aurait pas dû se produire", a dit à la presse Stéphane Dujarric.
Après huit années de conflit avec Boko Haram, la région est dévastée, près de 2 millions de personnes ne peuvent toujours pas rentrer chez elles, et l'ONU estime que près de 7 millions de Nigérians ont besoin d'une assistance humanitaire.