Cette décision est contraire au souhait de Washington.
Une juge fédérale avait jusqu'à 20h pour décider si elle s'opposait au transfert de cet homme, seulement identifié comme "John Doe", qui se trouve aux mains des forces américaines en Irak depuis sept mois.
Selon l'injonction préliminaire rendue par la magistrate jeudi soir, le ministre américain de la défense Jim Mattis ne peut pas transférer le prisonnier "qui est sous détention américaine".
Né aux Etats-Unis, "John Doe" est qualifié de "combattant ennemi" par le gouvernement américain, un terme utilisé lors de la guerre en Irak pour les prisonniers envoyés à la prison de Guantanamo, hors de tout système judiciaire.
L'homme s'est rendu aux Forces démocratiques syriennes (FDS) en Syrie en septembre, avant d'être transféré en Irak où il a été interrogé par des enquêteurs de l'armée américaine et de la police fédérale (FBI).
Il n'a à ce stade pas été inculpé.
Le ministère américain de la Justice a indiqué qu'il allait être transféré vers un pays, sans dire lequel. Mais plusieurs points dans les documents officiels semblent désigner l'Arabie saoudite, ce qu'aucun des avocats des deux camps n'a contesté quand ce pays a été cité dans les médias.
Les avocats de l'ACLU, la puissante association de défense des droits civiques qui représente "John Doe", ont demandé mercredi à la justice de bloquer le transfert, ajoutant qu'il devait être soit officiellement inculpé aux Etats-Unis, soit être libéré.
Un transfert vers l'Arabie saoudite serait "une violation impensable de ses droits constitutionnels", a déclaré un des avocats.
"John Doe" est le seul jihadiste présumé américain connu à être retenu en Irak ou en Syrie. Entre 100 et 200 Américains auraient rejoint les rangs de l'EI en Irak et en Syrie, selon différentes estimations.
Avec AFP