La Cour avait été saisie par le Parti du Congrès du Malawi (MCP) et le Mouvement Uni pour la Transformation (UTM).
La commission électorale avait proclamé la victoire de M. Mutharika, au pouvoir depuis 2014, avec 38,57% des suffrages exprimés. Lazarus Chakwera (MCP) et Saulos Chilima (UTM) avaient obtenu respectivement 35,41% et 20,24%.
M. Chakwera revendique la victoire, pour laquelle il lui a manqué 159.000 voix selon les résultats officiels et a dénoncé une "arnaque".
L'opposition dénonce notamment l'utilisation de feuilles d'émargement non officielles, des ratures et le nombre élevé de taches de correcteur fluide surchargées de biffures sur les bulletins de vote.
Depuis l'annonce de la victoire de M. Mutharika, l'opposition a organisé plusieurs manifestations qui ont été dispersées par les forces de l'ordre à jets de grenades lacrymogènes. Mardi, des dizaines de milliers de personnes ont participé à des manifestations qui ont tourné à l'émeute à Lilongwe, la capitale, où l'armée avait été déployée.