Ibrahim Rotich, communément appelé Emmanuel, a nié les charges présentées contre lui lors de sa comparution mardi.
Agnes Tirop, double médaillée mondiale du 10.000 m et 4e des JO de Tokyo sur 5.000 m, avait été retrouvée poignardée le 13 octobre à son domicile dans la ville d'Iten, célèbre centre d'entraînement pour les coureurs de fond et demi-fond.
Selon l'acte d'accusation consulté par l'AFP, Rotich aurait tué la jeune femme la veille de la découverte de son corps.
Il avait été arrêté le 14 octobre à Mombasa, ville côtière du sud-est du pays.
Rotich, âgé d'une quarantaine d'années, a été déclaré apte à comparaître lundi. Le tribunal statuera le 1er décembre sur une demande de libération sous caution.
Lire aussi : Kenya: la police à la recherche du mari d'une athlète poignardée à mortLe meurtre d'Agnes Tirop a ému le Kenya et révélé les pressions auxquelles sont confrontées les athlètes féminines pour leur succès dans une société dominée par les hommes.
Née dans une famille d'agriculteurs de la vallée du Rift, Agnes Tirop avait commencé sa carrière d'athlète il y a moins de dix ans.
Elle s'était révélée en 2015 en remportant à seulement 19 ans le titre de championne du monde de cross country.
Deux fois médaillée de bronze sur 10.000 mètres aux Mondiaux en 2017 et 2019, puis 4e sur 5.000 m aux derniers Jeux olympiques de Tokyo, elle était considérée comme une étoile montante de l'athlétisme kényan.
Un mois avant sa mort, elle avait battu le record du monde du 10 km sur route dans une course exclusivement féminine en 30 min 01 sec à Herzogenaurach (Allemagne).