Il y aura également un duel espagnol entre Villarreal et Valence, tandis que les Portugais du Benfica défieront les Allemands de Francfort.
Les rencontres auront lieu les 11 avril (aller) et 18 avril (retour).
En vertu d'un point de règlement interdisant aux deux clubs londoniens de jouer à domicile le même soir, les "Gunners" d'Unai Emery recevront le Napoli de Carlo Ancelotti, deuxième du championnat d'Italie, pour la manche aller.
A l'inverse, Chelsea aura l'avantage de recevoir ses adversaires tchèques au retour.
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Le club anglais, qui compte dans ses rangs le meilleur buteur de la compétition en la personne d'Olivier Giroud (9 buts), a remporté une fois la Ligue Europa, en 2013 face au Benfica Lisbonne.
Les Portugais recevront d'abord l'Eintracht Francfort, invincible cette saison en Ligue Europa (8 victoires, 2 nuls), avant d'aller en Allemagne défier l'actuel cinquième de Bundesliga.
Le vainqueur de la double confrontation affrontera Chelsea ou le Slavia pour une place en finale. Dans l'autre demi-finale, Naples ou Arsenal sera opposé quoi qu'il arrive à un club espagnol, soit Villarreal soit Valence, le lauréat de l'édition 2004. Unai Emery, coach des Gunners, pourrait ainsi croiser un de ses anciens clubs, Valence.
Les demi-finales se disputeront les 2 mai (aller) et 9 mai (retour), tandis que la finale aura lieu le 29 mai à Bakou, en Azerbaïdjan.
Le tirage au sort rend possible une affiche 100% londonienne en finale, entre les stars de Chelsea (N'Golo Kanté, Eden Hazard ...) et celles d'Arsenal (Mesut Özil, Pierre-Emerick Aubameyang...).
Le vainqueur succèdera au palmarès à l'Atlético Madrid d'Antoine Griezmann, tombeur de Marseille (3-0) lors de la dernière édition en mai 2018.