La bousculade s'est produite à l'entrée du stade Barea à Antananarivo, où une foule de quelque 50.000 spectateurs étaient venus assister à la cérémonie d'ouverture des onzièmes Jeux des îles de l'océan Indien.
"Le bilan provisoire fait état de douze morts" et quelque 80 blessés, a déclaré M. Ntsay à la presse devant l'hôpital de la capitale malgache où les blessés ont été transportés.
L'origine de la bousculade n'est pas connue pour l'instant.
Le président Andry Rajoelina, présent à la cérémonie sportive, a appelé à une minute de silence.
"Nous sommes environ 50.000 à être présents dans le stade", a déclaré le chef d'Etat dans un discours retransmis à la télévision. Mais "un événement tragique est survenu car il y a eu des bousculades. Il y a eu des blessés et des morts à l'entrée".
Les secours, la police et la gendarmerie sont sur place, a constaté un journaliste de l'AFP.
Les Jeux des îles de l'océan Indien sont une compétition multidisciplinaire organisée cette année à Madagascar jusqu'au 3 septembre.
Ils sont organisés tous les quatre ans dans différentes îles du sud-ouest de l'océan Indien depuis une quarantaine d'années. La précédente édition a eu lieu à Maurice.