Selon des témoignages recueillis sur place par l'AFP, les incidents ont éclaté lorsque la police a frappé un habitant qu'elle accusait de ne pas respecter l'interdiction de faire du commerce dans l'après-midi.
Dans un communiqué, la police a nié ces violences.
Des images de cet homme à terre ont rapidement circulé sur les réseaux sociaux et causé la colère de la population, qui a érigé un barrage, brûlé des pneus et lancé des pierres sur les forces de l'ordre, ont constaté des journalistes de l'AFP.
Les forces de sécurité ont riposté par des tirs de balles en caoutchouc.
Lire aussi : Coronavirus: à Madagascar, tu portes un cache-bouche ou tu balayes le trottoirSelon la police, le blessé a été brièvement hospitalisé et a pu regagner son domicile après avoir reçu des soins.
"Les attroupements continuent encore et les forces de l'ordre sont en train de rétablir l'ordre", a également indiqué en soirée la police.
Le gouvernement malgache a envoyé la semaine dernière plusieurs centaines de soldats et des médecins en renfort à Toamasina, après y avoir recensé une forte augmentation des cas de Covid-19 dans la ville.
"Le coronavirus n'existe pas ici, l'Etat nous manipule", "on va montrer qui nous sommes à ces militaires venus de (la capitale) Antananarivo", ont scandé mercredi les manifestants.
Quelques heures avant ces incidents, un groupe d'habitants se présentant comme un collectif des doyens de la ville a dénoncé sur les réseaux sociaux la décision du président Andry Rajoelina d'envoyer des renforts militaires et, plus généralement, sa gestion de la crise sanitaire.
Ils ont exigé sa démission sous douze heures.
"Je ne comprends pas, il n'y a pas de guerre ici. On combat un virus invisible à l'œil nu, et ce sont des militaires qu'on envoie et pas des médecins", s'est indigné auprès de l'AFP une serveuse de restaurant, Teodety Raharimamy.
Madagascar a enregistré jusque-là quelque 900 cas de coronavirus, dont six décès qui sont tous survenus dans la ville de Toamasina.
Au début de l'épidémie, M. Rajoelina a ordonné un confinement dans les trois principales villes du pays, levé depuis à Antananarivo et Fianarantsoa. Il a également largement distribué à sa population une tisane à base de plantes dont il assure qu'elle protège et soigne le Covid-19.
Les éventuels bienfaits de cette tisane, baptisée Covid Organics, n'ont toutefois été validés par aucune étude scientifique.