Accompagnée de ses partisans, Mme Banda a déposé son dossier à la commission électorale à Blantyre, la capitale économique du pays.
Vendredi, son Parti populaire (PP) avait pourtant annoncé avoir formé une alliance avec trois autres formations d'opposition au président sortant Peter Mutharika en vue de présenter un candidat unique pour l'affronter.
L'ex-cheffe de l'Etat a écarté mardi toutes les questions des journalistes sur son revirement, attribué par la presse locale au refus de ses partenaires d'accepter son fils comme colistier.
"Ne gâchons pas ce jour magnifique", s'est-elle contentée d'indiquer, "je parlerai de l'alliance un autre jour".
Première femme à la tête du Malawi, Joyce Banda, 68 ans, avait quitté son pays en 2014 après sa défaite à l'élection présidentielle et après avoir été mise en cause dans une affaire de corruption dite du "Cashgate".
Elle est rentrée au Malawi l'an dernier après quatre ans d'exil.
Depuis des mois, le mécontentement populaire gronde contre Peter Mutharika, au pouvoir depuis 2014. Sa popularité a été écornée par un scandale de pots-de-vin, les pénuries de nourriture et les coupures d'électricité.