Cela survient quelques semaines après une explosion à bord du yacht du président Abdulla Yameen.
L'engin, équipé d'un dispositif de commande à distance et découvert près du palais présidentiel, a pu être rapidement neutralisé après évacuation des passants et des riverains, ont indiqué les autorités.
Une atmosphère de panique s'est emparée de la petite capitale, où la police a bloqué les rues étroites et où l'armée a renforcé sa présence.
Le ministère des Affaires étrangères s'est employé à calmer la situation en diffusant sur twitter un message affirmant que "l'état d'urgence N'EST PAS déclaré aux Maldives".
Aucune revendication n'a été rendue publique après la découverte de cette bombe.
En septembre le yacht présidentiel avait été touché par une explosion. Le président, qui se trouvait à bord, était sorti indemne, mais son épouse et deux autres personnes avaient été blessées.
Le vice-président, Ahmed Adeeb, accusé d'être impliqué dans une tentative d'assassinat du président, a été arrêté en octobre.
Le ministre de la Défense et le chef de la police ont également été limogés après l'explosion sur le yacht.
Les Maldives font face à d'importantes critiques internationales depuis la condamnation en mars à 13 ans de prison de l'ancien chef de l'Etat Mohamed Nasheed au terme d'un procès expéditif inéquitable, selon l'ONU.
Cette peine, liée à l'arrestation en 2012 d'un magistrat soupçonné de corruption, avait été commuée en assignation à résidence en juillet mais l'ancien président a à nouveau été incarcéré en août.
Avec AFP