"Etant donné la situation actuelle, nous avons besoin de ces contrôles aux frontières", a estimé Mme Merkel lors d'une conférence de presse à Berlin.
La prolongation de ces contrôles sera l'un des sujets abordés lors de la rencontre entre Mme Merkel et le président de la Commission européenne Jean-Claude Juncker mercredi à Berlin, a-t-elle indiqué.
Plusieurs pays européens, dont l'Allemagne, ont réintroduit les contrôles d'identité aux frontières en 2015 en réponse à l'afflux massif de réfugiés, venus notamment de Syrie, d'Irak et d'Afghanistan.
Principale destination de ces demandeurs d'asile, l'Allemagne en a accueilli depuis 2015 plus d'un million.
La Commission européenne a annoncé début mai qu'elle mettrait un terme en novembre à ces dérogations exceptionnelles au sein de l'espace de libre circulation Schengen, arguant que la pression migratoire s'était allégée après la fermeture en 2016 de la route des Balkans et la mise en place la même année d'un accord migratoire avec la Turquie.
Mais le nombre de plus en plus important de migrants venus d'Afrique, qui empruntent la route de la Méditerranée au péril de leur vie, inquiète les Européens qui redoutent une nouvelle crise migratoire.
L'Autriche voisine, par où ont transité des centaines de milliers de migrants, a ainsi réclamé à plusieurs reprises la prolongation de ces contrôles. "Rien que pour des raisons de sécurité intérieure, nous devons savoir qui vient chez nous", a déclaré dimanche au journal allemand Die Welt le ministre autrichien de l'Intérieur Wolfgang Sobotka.
La question migratoire, qui a un temps affaibli la chancelière Merkel en raison de sa décision à l'été 2015 d'ouvrir les portes aux migrants, joue pour l'instant un rôle secondaire dans la campagne législative allemande.
Mme Merkel part favorite pour décrocher un quatrième mandat consécutif à l'issue du scrutin du 24 septembre.
Avec AFP