A la libération de l'icône de la lutte contre l'apartheid Nelson Mandela en 1990, Magubane devient son photographe officiel jusqu'à son élection quatre ans plus tard comme premier président noir, à l'avènement de la démocratie dans le pays. "Il est décédé aujourd'hui paisiblement, entouré de sa famille", a annoncé l'organisme représentatif de la presse sud-africaine, la SANEF.
Lire aussi : Gaza : l'Afrique du Sud accuse Israël devant la CIJ de se livrer à des "actes de génocide"C'était un "photographe consciencieux, acharné au travail", a commenté sa fille Fikile sur la chaîne publique SABC. "Il était passionné, son métier était sa priorité absolue". "L'Afrique du Sud a perdu un combattant de la liberté, un conteur et un photographe hors pair", a tweeté le ministre de la Culture Zizi Kodwa. "Peter Magubane a documenté sans peur les injustices de l'apartheid".
L'une de ses photos les plus célèbres, datant de 1956, montre une petite fille blanche sur un banc marqué de la consigne "réservé aux Européens", sa nounou noire assise de l'autre côté de ce banc d'une banlieue de Johannesburg. Ayant débuté comme chauffeur du magazine branché Drum, consacré à la culture urbaine noire, il était passé au laboratoire photo avant de se positionner derrière l'objectif. Il a documenté le quotidien et plusieurs moments clés de la lutte contre l'apartheid.
Arrêté en 1969 alors qu'il photographiait des manifestants devant une prison où était incarcérée la militante Winnie Mandela notamment, il passe 586 jours à l'isolement en prison et est condamné à sa sortie à cesser toute activité photographique pendant cinq ans. En 1971, il est de nouveau arrêté et incarcéré de longs mois pour avoir désobéi à cet ordre.
Harcelé par la police qu'il déjoue autant que possible, il couvre largement le soulèvement étudiant de Soweto en 1976, dont il a pris plusieurs des clichés les plus marquants qui le font connaître dans le monde entier. Peter Magubane a publié une quinzaine de livres, dont plusieurs ont été censurés sous l'apartheid, un régime ségrégationniste qui a sévi en Afrique du Sud de 1948 au début des années 1990.