Les rescapés ont dit aux autorités grecques que quatre mineurs manquaient l'appel.
Selon d'autres informations, les enfants seraient âgés de trois à 14 ans.
Les autorités grecques n'ont pu confirmer les âges.
Des recherches en mer sont en cours, a indiqué une porte-parole de la garde-côtes. Par ailleurs, 32 personnes ont été sorties de l'eau au large de l'île grecque de Lesbos par un navire de Frontex, l'agence
chargée des frontières de l'Union européenne.
Un homme d'une vingtaine d'années est portée disparu.
Depuis le début de l'année, près de 433.000 personnes ont traversé la Méditerranée depuis le début de l'année et environ, 2.750 ont péri noyées, a annoncé vendredi l'Organisation internationale pour les migrations (OIM).
Sur ce total, près de 310.000 sont arrivés par mer en Grèce.
Près de la moitié de ceux qui traversent la Méditerranée sont des Syriens fuyant la guerre civile, selon les Nations unies.