Les corps des victimes ont été jetés dans des fosses communes, selon l'ONG basée à New York.
L'armée avait donné l'assaut à la mi-décembre contre le fief des militants du Mouvement pro-iranien à Zaria, les accusant d'avoir tenté d'assassiner le chef d'état-major des armées nigérian après que son convoi avait été bloqué par une barricade lors d'une procession chiite. L'IMN a démenti la version de l'armée.
Le cheikh Ibrahim Zakzaky, chef de l'IMN, avait été gravement blessé dans les affrontements et a été arrêté. Selon un porte-parole du mouvement, de nombreux fidèles avaient été tués et leurs corps avaient été évacués dans des camions militaires.
Selon HRW, des témoins affirment que les soldats ont jeté des centaines de corps dans des fosses communes, ce qui rend difficile l'établissement d'un bilan précis.
"Il est presque impossible de comprendre comment une barricade érigée par des jeunes hommes en colère a pu justifier le meurtre de centaines de gens", a déclaré Daniel Bekele, directeur de l'ONG pour l'Afrique.
"Il s'agit au mieux d'une réaction disproportionnée, et au pire d'une attaque planifiée sur un groupe chiite minoritaire", a-t-il ajouté.
L'armée nigériane, qui n'a publié aucun bilan officiel sur le nombre de victimes, a démenti les accusations de HRW.
"Ces allégations sont fausses", a déclaré à l'AFP le porte-parole de l'armée nigériane, Sani Usman.
"Il est donc présomptueux et clairement hors de propos que quiconque fasse des allégations ou des commentaires aussi infondés", a-t-il ajouté.
"L'incident survenu entre l'armée nigériane et le Mouvement islamique du Nigeria a été rapporté aux agences concernées qui enquêtent sur le problème".
La semaine dernière, le gouvernement a mis en place une commission judiciaire chargée d'enquêter sur cette affaire. L'armée a également diffusé une vidéo montrant une foule de personnes jetant des pierres sur le convoi militaire.
Les relations entre les autorités et l'IMN, qui milite pour l'instauration d'une République islamique à l'iranienne, sont tendues depuis longtemps et ont déjà conduit à des confrontations.
Le nord du Nigeria est majoritairement musulman sunnite. Les chiites n'y forment qu'une petite minorité qui est également la cible d'attaques du groupe islamiste sunnite Boko Haram, qui a fait allégeance au groupe Etat islamique (EI).
L'armée nigériane est régulièrement accusée de violations des droits de l'homme dans sa lutte contre Boko Haram.
Selon Amnesty International, des centaines de personnes ont été tuées sans raison lors de combats contre les jihadistes.
Avec AFP