Il a assuré que cette levée de l'interdiction, qui était réclamée avec force par Hanoï, n'était pas directement liée à la posture offensive de la Chine dans les différends territoriaux avec plusieurs pays d'Asie du Sud-Est.
"La décision de lever l'interdiction n'est pas motivée par la question chinoise (...), mais par notre désir de compléter le long processus de normalisation que nous avons entrepris avec le Vietnam", a assuré le président américain lors d'une conférence de presse au côté de son homologue vietnamien Tran Dai Quang.
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Visite de Barack Obama au Vietnam (vidéo)
"Cela montre que les relations entre nos deux pays sont pleinement normalisées", a salué ce dernier. Après la levée de l'embargo économique américain en 1994, puis la normalisation des relations diplomatiques l'année suivante, cette décision a une très forte portée symbolique.
Mais cette annonce est aussi un signal envers Pékin qui montre de plus en plus ses muscles en mer de Chine méridionale, où Hanoï et Pékin se disputent certains archipels.
En 2014, Pékin avait installé une plate-forme pétrolière dans les eaux maritimes revendiquées par Hanoï, provoquant des émeutes meurtrières anti-chinoises au Vietnam. La plate-forme a été retirée quelques mois plus tard.
"Il existe toujours une certaine méfiance (vis-à-vis de Washington) au sein de l'élite vietnamienne, mais l'affirmation croissante de Pékin en Mer de Chine méridionale a vraiment fait évoluer les mentalités et poussé à un rapprochement plus rapide avec les Etats-Unis", souligne Murray Hiebert, analyste au Center for Strategic and International Studies.
Les deux hommes sont restés très vagues sur les droits de l'Homme, censés être une des conditions de cet accord. Le président vietnamien a seulement évoqué rapidement la question, en assurant que le régime visait à "protéger et respecter les droits de l'Homme", sans cependant évoquer les emprisonnements de dissidents.
Barack Obama a très peu évoqué les dossiers internationaux, confirmant seulement la mort du mollah Mansour, chef des talibans afghans, dans une frappe américaine.
- L'économie d'abord -
Car son programme est avant tout économique, avec l'accord de libre-échange transpacifique (TPP) au coeur de cette visite dans ce pays de 90 millions d'habitants au rythme de croissance soutenu.
Barack Obama a souligné que les Etats-Unis comme le Vietnam avaient tout à gagner avec cet accord scellé entre 12 pays, dont les Etats-Unis et le Japon mais pas la Chine, dont Barack Obama espère la ratification avant son départ début 2017.
"Je reste convaincu que nous allons l'obtenir et la raison pour laquelle je reste confiant est qu'il s'agit de la bonne chose à faire", a martelé Barack Obama.
Par ailleurs, entre autres contracts annoncés en marge de cette visite, la compagnie aérienne Vietjet a annoncé lundi l'achat de 100 Boeing 737 MAX 200 pour un montant de 11,3 milliards de dollars.
Dans la foisonnante capitale vietnamienne, cette première visite de M. Obama - la troisième d'un président américain depuis la fin de la guerre en 1975 - suscitait de vives attentes.
"Je n'étais pas né à l'époque de la guerre. Pour moi, la guerre américaine contre le Vietnam c'est du passé", affirme Doan Quang Vinh, 25 ans. "Nous devrions nous tourner vers l'avenir".
"J'ai entendu beaucoup de choses le concernant et j'admire ce qu'il a fait, il est un peu comme notre Oncle Ho!", lance en riant Thuy Tien, jeune femme de 19 ans, en référence à Ho Chi Minh, fondateur du Parti communiste vietnamien (PCV), dont le corps embaumé est exposé dans un mausolée.
La visite de M. Obama intervient à un moment où l'image de l'Amérique est particulièrement bonne dans ce pays d'Asie du Sud-Est. Selon une étude réalisée l'an dernier par le Pew Research Centre, 78% des Vietnamiens ont une opinion favorable des Etats-Unis, et ce chiffre est encore plus élevé parmi les jeunes.
A la suite du programme de trois jours de M. Obama: rencontre avec le puissant numéro 1 du Parti communiste, Nguyen Phu Trong, et mercredi avec des jeunes Vietnamiens à Hô-Chi-Minh-Ville (ex-Saïgon), le coeur économique du pays.
Hoang Bao Khanh, coiffeur de 61 ans, a fièrement affiché une photo du président américain à l'extérieur de sa boutique, dans le centre de Hanoï.
"Lorsqu'il a pris ses fonctions après sa première élection, plusieurs clients m'ont dit que je lui ressemblais. Et, à vrai dire, je trouve aussi qu'il y a quelque chose !", raconte le sexagénaire qui rêve de rencontrer son "sosie" américain.
Avec AFP