Le programme concerne quelque 38.000 personnes, venues principalement d'Erythrée et du Soudan.
Israël leur a offert 3.500 dollars (2.900 euros) et un billet d'avion si elles partent d'ici mars, en les menaçant d'arrestation après cette date.
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Le plan avait été largement critiqué lorsqu'il avait été dévoilé pour la première fois l'an dernier, mais le Haut-Commissariat pour les réfugiés (HCR) de l'ONU a tiré à nouveau la sonnette d'alarme en entendant le Premier ministre israélien Benjamin Netanyahu annoncer la semaine dernière que le programme avait commencé.
Le gouvernement a approuvé à l'unanimité en novembre la fermeture du centre de rétention de Holot (sud), situé dans le désert du Néguev, qui peut accueillir jusqu'à 1.200 migrants.
"Le HCR appelle une nouvelle fois Israël à stopper sa politique de réinstallation d'Erythréens et de Soudanais en Afrique subsaharienne", a déclaré l'agence de l'ONU dans un communiqué.
Le porte-parole du HCR William Spindler a déclaré aux journalistes à Genève que le programme n'était pas "cohérent" et qu'il avait été "mis en place d'une manière pas très transparente".
Israël n'a pas clairement indiqué vers quels pays les migrants seraient envoyés, mais reconnaît tacitement que les Soudanais et les Erythréens risquent leur vie s'ils sont renvoyés dans leurs pays.
Selon des activistes en Israël, le gouvernement a en conséquence signé des accords avec le Rwanda et l'Ouganda, qui ont accepté d'accueillir ces migrants si leur départ d'Israël se fait avec leur consentement.
L'Ouganda a publiquement démenti l'existence d'un tel accord et selon l'ONU, le Rwanda a également nié son implication.
M. Spindler a souligné que l'ONU n'avait pas de possibilité d'intervenir étant donné que les pays d'accueil niaient leur participation à ce programme.
Des employés du HCR ont toutefois interviewé à Rome 80 personnes qui ont été expulsées vers le Rwanda avec la prime de 3.500 dollars avant de repartir vers l'Italie, en traversant des zones de conflit, comme le Soudan du Sud, le Soudan et la Libye.
"Le long de la route, ils ont été victimes d'abus, de tortures et de vols avant de risquer une nouvelle fois leur vie en traversant la Méditerranée", a indiqué le HCR dans un communiqué.
Avec AFP