Le candidat du pouvoir Mohamed Ali Soilihi, dit Mamadou, arrivé en tête au premier tour en février (17,88%), affronte l'ex-putschiste Azali Assoumani (15,10%) qui a gouverné le pays de 1999 à 2006 et le gouverneur de Grande-Comore Mouigni Baraka, deuxième du premier tour avec 15,62% des voix.
Cinq personnes accusées de propagande électorale ont été arrêtées sur l'île de Moheli, dans le cadre de l'élection des gouverneurs locaux qui se déroule en même temps que la présidentielle, a indiqué à l'AFP Mohamed Fazul, un des candidats au poste de gouverneur.
Des incidents impliquant des partisans des différents camps ont aussi été relevés sur l'île d'Anjouan, selon des journalistes locaux. Dans certaines localités, des partisans de l'ex-président Ahmed Abdallah Sambi (2006-2011), qui soutient le colonel Assoumani, sont accusés de perturber le vote.
"Je m'inquiète de ce qu'il se passe à Anjouan", a confié M. Baraka, joint par l'AFP au téléphone.
"Toutes les conditions d'un scrutin transparent sont réunies. Il y a une bonne sécurisation du scrutin mais on sent néanmoins une certaine tension", a reconnu le ministre de l'Intérieur, Mohamed Elhad Abbas.
Le charismatique M. Sambi dont le parti Juwa (Soleil) a été éliminé au premier tour, est encore très populaire sur l'île d'Anjouan, où il est né.
Les électeurs d'Anjouan n'avaient pas participé au premier tour de la présidentielle le 21 février, conformément à la Constitution atypique de l'Union des Comores, pays composé de trois îles (Anjouan, Grande-Comore et Mohéli).
Seuls les électeurs de la Grande-Comore, à qui revient cette fois la présidence tournante de l'archipel, avaient pu voter au premier tour. En revanche dimanche, l'ensemble des 300.000 électeurs du pays est appelé aux urnes.
"C'est un scrutin à haut risque. L'état d'esprit des électeurs est suspicieux à cause des irrégularités du premier tour", a affirmé à l'AFP, Salim Soulaimana, le chef de la Fédération comorienne de la société civile.
Déplacements interdits
Dix-neuf des 25 candidats du premier tour avaient contesté la validité des résultats fin février et exigé que les bulletins soient recomptés, mais la Cour constitutionnelle les avaient finalement validés quelques jours plus tard.
A Moroni, la capitale, située sur l'île de Grande-Comore le scrutin se déroulait dans le calme.
Les déplacements entre deux communes ont été interdits dimanche aux Comores, à moins qu'on soit muni d'un laisser-passer officiel, tant pour éviter le double vote que les troubles en marge du scrutin.
Des barrages policiers sont installés sur les principales routes du pays pour faire respecter cette interdiction.
En plus des observateurs internationaux dépêchés sur place, des organisations comoriennes ont mis en place une "plateforme de veille électorale" pour faire remonter en temps réel les incidents.
Contrairement au premier tour, l'Union africaine n'a cette fois pas envoyé d'observateurs.
La campagne a été terne et désordonnée, se résumant à un déballage d'attaques personnelles et de soupçons de corruption, particulièrement entre le colonel Assoumani et Mamadou.
Malgré le soutien crucial de M. Sambi, le colonel Assoumani n'est pas certain de l'emporter. Car une quinzaine de cadres du Juwa n'ont pas suivi les consignes de leur président d'honneur et ont démissionné pour rallier Mamadou.
Ce dernier est aussi appuyé par le Conseil des oulémas, la plus haute instance de l'islam, dans un pays qui compte 99% de musulmans, principalement sunnites.
Derrière ces deux favoris, le gouverneur de la Grande-Comore, Mouigni Baraka, moins connu sur les deux autres îles, veut croire en ses chances.
"Mamadou et Assoumani se font la guerre, Mouigni Baraka pourrait être la solution", veut croire Me Ali Ibrahim Mzimba, le bras droit de ce dernier.
A l'exception de Mamadou qui a fait de l'énergie et de la formation professionnelle ses priorités, les programmes des candidats sont quasiment identiques, axés sur la gratuité des soins, l'enseignement et l'amélioration des infrastructures délabrées du pays.
Les bureaux de vote seront ouverts jusqu'à 18H00 (15H00 GMT) et les résultats pourraient être annoncés mercredi.
Avec AFP