En prison depuis le 7 mars, il n'a pu se rendre à la séance inaugurale de la nouvelle assemblée "malgré son immunité parlementaire", a dénoncé à la tribune de l'hémicycle un député de sa coalition, Cheikh Bamba Dièye.
Il s'agit d'une "violation flagrante" de ses droits, a ajouté M. Dièye sous les huées de députés de la majorité.
Opposant au président Macky Sall, dont il devrait être l'un des concurrents à la présidentielle de 2019, Khalifa Sall est accusé de "détournement de fonds publics".
Il doit répondre de dépenses "non justifiées" de plus de 2,7 millions d'euros prélevés pendant plusieurs années, selon la justice, dans les caisses de sa mairie, ce qu'il nie.
Maire de Dakar depuis 2009, il a été élu député à la tête d'une coalition de plusieurs partis d'opposition aux législatives largement remportées par la majorité présidentielle.
Un autre député, Madické Niang, a également évoqué à la tribune le sort de Khalifa Sall, puis le président de la séance a interrompu ces débats en expliquant qu'ils n'étaient pas réglementaires pendant l'installation des députés.
Dans une lettre ouverte publiée jeudi, les avocats de Khalifa Sall estiment également qu'il est "couvert par l'immunité" parlementaire et que sa détention le prive "de la possibilité d'exercer son mandat que le peuple souverain lui a donné".
Ses partisans imputent ses déboires judiciaires à son statut de dissident du Parti socialiste (PS), membre de la coalition au pouvoir, et de la majorité présidentielle, qu'il a critiquée depuis plusieurs années.
Autre opposant de marque absent jeudi, l'ancien président Abdoulaye Wade (2000-2012), 91 ans, qui avait annoncé la semaine dernière qu'il renonçait à exercer son mandat de député.
Le président de l'Assemblée nationale sortant, Moustapha Niasse, a sans surprise été reconduit dans ses fonctions.
Les députés ont par ailleurs rendu hommage à une figure majeure de la politique sénégalaise, Djibo Leyti Kâ, décédé jeudi à Dakar à l'âge de 69 ans des suites de maladie.
Le président Macky Sall a salué un "homme politique de dimension exceptionnelle" qui "a porté jusqu'au bout les rigueurs et les contraintes de l'engagement au service de son pays".
"Son nom est intimement lié à notre histoire politique de ces cinquante dernières années", a écrit le chef de l'Etat sur le site de la présidence.
Djibo Leyti Kâ, né en 1948 dans une famille d'éleveurs dans le nord du Sénégal et diplômé de l'Ecole nationale d'administration de Dakar, a été le collaborateur des quatre chefs d'Etat qu'a connu le Sénégal depuis l'indépendance.
Après avoir été directeur de cabinet de Léopold Sédar Senghor (1960-1980), il a été ministre de ses successeurs Abdou Diouf (1981-2000) et Abdoulaye Wade (2000-2012) à différents départements dont l'Intérieur, les Affaires étrangères et l'Education nationale.
Il s'était également présenté à l'élection présidentielle en 2000.
Macky Sall, élu en 2012 pour sept ans, l'avait nommé président de la Commission nationale de dialogue des territoires (CNDT).
Ce polémiste, fin connaisseur des rouages de l'administration, était cependant critiqué pour ses compagnonnages différents avec tous les pouvoirs du Sénégal. Il est auteur d'un livre autobiographique: "Un petit berger au service de la République et la démocratie".
Avec AFP