Une enquête a été ouverte pour "tentative de meurtre" après les faits, qui se sont déroulés vers 13h30 heure locale (10h30TU) dans un bâtiment de l'académie Mojaïski, dans le centre de l'ancienne capitale impériale.
"L'explosion d'un engin artisanal non identifié s'est produite", a expliqué le ministère russe de la Défense dans un communiqué transmis aux agences de presse russes.
Le Comité d'enquête russe a ajouté que quatre personnes avaient été blessées. "Une assistance médicale leur est apportée, leur vie n'est pas en danger", a-t-il assuré dans un communiqué.
"Tout le monde est vivant : trois personnes ont été blessées", a déclaré sur place aux journalistes le gouverneur de Saint-Pétersbourg, Alexandre Beglov, précisant qu'une quatrième personne était "légèrement blessée".
Le Comité d'enquête, un organe dépendant directement du Kremlin et chargé des principales affaires pénales et criminelles en Russie, a dit procéder à des recherches pour déterminer les circonstances dans lesquelles les faits se sont déroulés et l'origine de l'engin explosif.
En ouvrant une enquête pour "tentative de meurtre", il n'a pas retenu la piste terroriste, alors que la Russie a été menacée à plusieurs reprises de représailles par l'EI et par la branche syrienne d'Al-Qaïda depuis le début en 2015 de son intervention militaire en Syrie en soutien au régime de Damas.
L'ancienne capitale impériale avait été la cible en avril 2017 de l'un des attentats les plus meurtriers ayant frappé le territoire russe ces dernières années : l'explosion d'une bombe dans une rame de métro avait fait 15 morts et près de 70 blessés.
Son auteur présumé, Akbarjon Djalilov, un homme de 22 ans originaire du Kirghizstan, avait été tué dans l'explosion et le procès de onze personnes accusées d'avoir été impliquées dans cette tuerie a commencé mardi matin dans un tribunal militaire de Saint-Pétersbourg.
- Vingt personnes piégées -
L'académie Mojaïski, fondée en 1712, est une des plus anciennes académies militaires de Russie et accueille plus de 2.000 élèves. D'après son site internet, elle "forme les cadres des forces aériennes de Russie et d'autres départements militaires".
Les forces de l'ordre bloquaient mardi après-midi l'accès à cet établissement dépendant de l'armée, dont sortaient étudiants et employés, selon une journaliste de l'AFP.
"On nous évacue", a expliqué une étudiante, Natalia, refusant de donner son nom de famille. "Il semble qu'au premier étage, quelque chose a explosé. Nous ne savons pas", a-t-elle poursuivi.
Selon le journal en ligne local Fontanka, un groupe de démineurs est arrivé sur place pour inspecter l'académie.
Un responsable des services de secours, cité par l'agence de presse Ria Novosti, a déclaré que l'engin avait explosé dans une salle de classe du premier étage, détruisant un escalier et piégeant une vingtaine d'élèves au troisième étage du bâtiment.
Un site internet d'informations locales, 78.ru, a diffusé une vidéo montrant un homme semblant grièvement blessé et portant un pantalon de treillis être admis sur un brancard dans un hôpital militaire de Saint-Pétersbourg.