Les deux attaques ont eu lieu dans la nuit de mercredi à jeudi, a rapporté jeudi l'Organisation mondiale de la Santé (OMS).
Un agent du ministère congolais de la Santé et deux chauffeurs ont été tués dans l'assaut contre une "base" où vivent des personnels de la riposte anti-Ebola à Biakato dans la province de l'Ituri, a indiqué l'OMS dans un communiqué.
La victime du ministère de la Santé travaillait pour "l'équipe de vaccination".
Un policier congolais, payé par les autorités sanitaires pour garder les installations anti-Ebola, a été tué dans l'autre attaque contre un bureau de la coordination de la riposte anti-Ebola à Mangina, a ajouté l'OMS.
Mangina se trouve à quelques dizaines de kilomètres de Biakato, dans la province voisine du Nord-Kivu.
Les attaques n'ont pas été revendiquées. Les autorités congolaises accusent des "maï maï", des miliciens constitués sur une base communautaire et dont les actions vont de la défense des intérêts communautaires à la grande criminalité.
"Aucun agent de l'OMS ne figure parmi les morts, même si l'un d'entre eux a été blessé", a précisé l'OMS. "Les autres blessés sont principalement des agents du ministère (congolais) de la Santé".
"L'OMS et ses partenaires soignent les blessés et mettent d'autres membres du personnel en sécurité", selon le compte twitter de l'OMS en RDC.
"Nos bases de Biakato et de Mangina ont été attaquées presque simultanément vers minuit", a souligné le chef congolais de la riposte anti-Ebola, le docteur Jean-Jacques Muyembe.
Mangina est le lieu d'où est parti en juillet-août 2018 la dixième épidémie d'Ebola sur le sol congolais. Le secrétaire général des Nations unies Antonio Guterres s'y était rendu le 1er septembre.
- "Plus de gens vont mourir" -
L'OMS est le partenaire du ministère congolais de la Santé dans la lutte contre l'épidémie d'Ebola, qui a tué 2.199 personnes depuis août 2018.
"Ebola était en retrait. Ces attaques vont redonner de la vigueur à l'épidémie, et plus de gens vont mourir par conséquent", a déclaré le directeur général de l'OMS, le docteur Tedros Adhanom Gebreyesus, cité dans le communiqué.
Sept nouveaux cas d'Ebola ont été enregistrés la semaine dernière, contre 120 au pic de l'épidémie en avril dernier, selon l'OMS.
A 30 km de Mangina, les activités anti-Ebola sont menacés par l'insécurité à Beni et dans sa région, où une centaine de civils ont été massacrés depuis le 5 novembre.
Ces tueries attribuées au groupe armé ADF, à l'origine un mouvement rebelle ougandais, implanté dans l'est de la RDC où il a fait souche depuis près de vingt-cinq ans, ont provoqué depuis une semaine des manifestations de colère envers les Casques bleus présents dans la région.
L'OMS a indiqué mardi avoir transféré de Beni vers Goma 49 de ses 120 employés luttant contre Ebola.
"Les activités de contrôle sanitaire sont perturbées dans les villes de Beni et Butembo", en raison de manifestations de la population qui dénoncent "les tueries de civils", a relevé le ministère congolais de la Santé dans son dernier bulletin épidémiologique de jeudi.
L'actuelle épidémie est la plus grave dans les annales du virus de la fièvre hémorragique découvert en 1976, après celle qui a tué 11.000 personnes en Afrique de l'Ouest en 2014.
Elle a été élevée au rang "d'urgence de santé publique de portée internationale" par l'OMS en juillet dernier.