Le 9 avril, en pleine célébration du dimanche des Rameaux, des kamikazes de l'EI avaient pris pour cible deux églises du nord de l'Egypte, à Tanta et à Alexandrie, faisant 45 morts. En décembre, 29 personnes avaient été tuées dans une attaque similaire contre une église du Caire.
Les 48 accusés, dont 31 se trouvent actuellement derrière les barreaux, seront jugés pour ces attentats, ainsi que pour la mort de huit policiers en janvier dans l'attaque d'un poste de contrôle dans le sud-ouest du pays, selon un communiqué du parquet.
Ils devront notamment répondre de "meurtre et tentative de meurtre", "fabrication et possession de ceintures et d'engins explosifs, ainsi que d'armes et de munitions", mais aussi d'"appartenance au groupe terroriste Daech", acronyme en arabe de l'EI, précise le communiqué.
Selon le parquet, les accusés dirigeaient ou appartenaient à "deux cellules" rattachées à l'EI, au Caire et dans la province de Qena, dans le sud de l'Egypte. Ils avaient suivi "un entraînement militaire dans des camps de l'EI, en Libye et en Syrie", poursuit le texte.
La police égyptienne a annoncé à plusieurs reprises avoir arrêté des suspects après les attentats anti-coptes.
Depuis que l'armée a destitué le président islamiste Mohamed Morsi en 2013, une branche locale de l'EI mène régulièrement des attaques contre la police et les militaires, notamment dans le nord de la péninsule du Sinaï.
Et ces derniers mois, le groupe extrémiste sunnite s'était engagé à multiplier les attaques contre la minorité copte orthodoxe du pays, qui représente environ 10% des 90 millions d'Egyptiens.
Lors de sa première visite en Egypte fin avril, le pape catholique François avait plaidé pour la paix et la concorde entre musulmans et chrétiens.
Avec AFP