Les deux manifestants ont été tués à Beni et dans la ville voisine de Butembo, à 50 km, a indiqué le procureur militaire Kumbu Ngoma, à un correspondant de l'AFP à Beni.
Le bilan a été confirmé par un porte-parole de la Mission des Nations unies au Congo (Monusco) à Kinshasa.
A Beni, un correspondant de l'AFP a vu le corps d'un jeune homme touché à la tête, gisant sur la chaussée à 50 mètres de la base civile de la Monusco vandalisée et incendiée la veille par les manifestants.
Lire aussi : Des manifestations de colère violemment réprimées à BeniUne centaine de personnes s'étaient de nouveau regroupées mardi devant la même base, protégées par des Casques bleus du Malawi, a constaté ce correspondant, qui a vu des forces de sécurité congolaises passer dans la même zone où des tirs ont été entendus.
"Je ne sais pas qui a tiré", a indiqué le parquet militaire chargé de l'enquête.
Au moins quatre manifestants avaient été tués lundi à Beni dans les émeutes qui ont visé les installations onusiennes. Les habitants protestaient après un nouveau massacre de huit personnes dans la nuit.
A Butembo, ville épargnée par les tueries attribuées aux ADF, des habitants ont cependant manifesté mardi pour "compatir avec la population de Beni", a indiqué à l'AFP un responsable de la société civile, Edgar Mateso.
Le chef de la police de Butembo Richard Mmambi a déclaré avoir envoyé un "responsable du renseignement" sur les lieux de la manifestation après avoir appris qu'"il y a eu une personne tuée par une balle perdue".
"Les manifestations sont anti-Monusco et anti-autorités", a souligné le porte-parole onusien.
Lire aussi : Émeutes anti-ONU à Beni après un nouveau massacre de civilsLa présidence avait annoncé lundi à Kinshasa des "opérations conjointes entre l'armée nationale et la Monusco" à Beni "afin d'assurer la paix et la sécurité à la population civile".
Beni et Butembo sont également l'épicentre de l'actuelle épidémie d'Ebola qui a tué 2.199 personnes.
Les activités anti-Ebola tournent au ralenti en raison de l'insécurité. L'Organisation mondiale de la Santé (OMS) a expliqué avoir dû transférer vers Goma 49 de ses 120 travailleurs présents à Beni.