Abdirisak Mohamed Barow et Hassan Nur Ali ont été exécutés par un peloton dans la matinée, a indiqué à la presse Abdulahi Hussein Mohamed, magistrat du tribunal militaire siégeant à Mogadiscio.
"Ils ont été reconnus coupables d'avoir assassiné la journaliste Hindiyo Haji Mohamed dont la voiture avait été piégée par un explosif", a précisé le juge militaire.
Les deux hommes ont reconnu pendant leur procès appartenir au groupe des shebab, affiliés à Al-Qaïda. Ces derniers n'avaient toutefois pas revendiqué l'assassinat.
Le tribunal suprême militaire avait récemment rejeté leur appel et avait même, à cette occasion, alourdi la peine de l'un d'entre eux, de la prison à vie à la condamnation à mort.
Hindiyo Haji Mohamed a été tuée le 3 décembre 2015 à Mogadiscio dans l'explosion de sa voiture, alors qu'elle rentrait chez elle après avoir assisté à un cours à l'université.
Son époux, également journaliste pour SNTV, avait été tué dans une attaque suicide contre un restaurant de Mogadiscio en 2012.
Plusieurs organisations de défense de la liberté de la presse classent la Somalie parmi les pays les plus dangereux de la planète pour les journalistes.
Reporters sans frontières (RSF) la place à la 172e place sur 180 pays dans son classement 2015 de la liberté de la presse. Selon l'ONG, Hindiyo Haji Mohamed est la 38e journaliste assassinée en Somalie dans le cadre de son activité professionnelle depuis 2010.
En 2012, année la plus meurtrière pour la presse somalienne, 18 de ses membres avaient été assassinés ou avaient péri dans des attentats.
Les shebab, qui ont juré la perte du gouvernement somalien, mènent régulièrement des attaques contre des responsables gouvernementaux ou des journalistes.
Début mars, le journaliste somalien Hassan Hanafi, rallié aux shebab, a ainsi été condamné à la peine de mort à Mogadiscio pour avoir organisé l'assassinat de cinq de ses collègues entre 2007 et 2010.
Mais les shebab ne sont pas les seuls ennemis des journalistes somaliens, qui peuvent également être ciblés par des hommes d'affaires ou hommes politiques qui désapprouvent leur couverture de l'information.
Avec AFP