Les attaques, revendiquées par le groupe jihadiste Etat islamique (EI), ont visé vers 7h30 (00h30 GMT), à l'heure de la messe, trois églises à Surabaya, la deuxième ville du pays dans l'est de l'île de Java.
Les auteurs sont six membres d'une même famille: la mère, le père, les deux filles de 9 et 12 ans et les deux fils de 16 et 18 ans, a annoncé le chef de la police nationale, Tito Karnavian. La famille était liée au mouvement radical Jamaah Ansharut Daulah (JAD), qui soutient le groupe Etat islamique.
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Selon la police, 13 personnes ont été tuées et une quarantaine d'autres blessées, soit le plus lourd bilan dans ce pays depuis des attaques contre deux hôtels de luxe à Jakarta en 2009, qui avaient fait 9 morts.
Selon les médias locaux, la famille aurait pu revenir de Syrie, où des centaines d'Indonésiens ont afflué ces dernières années pour combattre aux côtés des jihadistes de l'EI.
La mère, identifiée comme Puji Kuswati, et ses deux filles portaient des niqabs et des bombes autour de la taille lorsqu'elles ont pénétré dans l'église Kristen Indonesia Diponegoro pour se faire exploser, selon Tito Karnavian.
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Le père, Dita Priyanto, chef de cellule au sein du JAD, a foncé avec une voiture d'explosifs sur l'Eglise pentecôtiste du centre de Surabaya, alors que ses fils ont conduit des motos en direction d'un troisième lieu de culte, l'église Sainte-Marie, où ils ont activé les explosifs qu'ils portaient.
Les trois attaques "sont des attentats suicide mais les types de bombes utilisées sont différents", a souligné M. Karnavian.
Des démineurs ont par ailleurs désamorcé deux autres bombes dans l'Eglise pentecôtiste du centre de Surabaya.
Etat d'alerte
L'archipel d'Asie du sud-est, pays musulman le plus peuplé du monde, est en état d'alerte depuis une série d'attentats perpétrés ces dernières années.
Le mouvement local Jamaah Ansharut Daulah est lié à de nombreuses attaques et attentats suicide, dont l'un en janvier 2016 à Jakarta qui avait coûté la vie à quatre civils et quatre assaillants. Cette attaque avait été la première revendiquée en Asie du sud-est par l'EI.
La police a par ailleurs indiqué que quatre membres présumés du mouvement JAD ont été tués dans des opérations qui ont suivi une émeute dans une prison de haute sécurité en banlieue de Jakarta, ayant eu lieu cette semaine.
Cinq policiers et un détenu avaient trouvé la mort au cours d'affrontements dans cette prison, où des détenus islamistes avaient pris un gardien en otage. L'EI avait revendiqué l'attaque.
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Selon le chef de la police nationale, les attentats de dimanche pourraient être un acte de vengeance après ces affrontements et l'arrestation de responsables du mouvement JAD.
"Cet incident les a énervés (...) Et il y a eu des instructions de l'EI en Syrie, ils ont attendu ce moment pour se venger", a-t-il précisé.
L'intolérance religieuse a augmenté ces dernières années dans ce pays de 260 millions d'habitants dont près de 90% de la population est musulmane mais qui compte aussi des minorités chrétienne, hindoue et bouddhiste.
D'autres attaques visant des églises se sont produites à travers le pays.
En février, la police avait tué un homme armé d'une épée qui avait attaqué en pleine messe une église, blessant quatre personnes dont un prêtre.
Un extrémiste islamiste avait été condamné en septembre à la réclusion criminelle à perpétuité pour une attaque meurtrière au cocktail Molotov en 2016 contre une église, avec des complices d'un groupe soutenant l'EI.
L'Indonésie avait été précipitée dans sa propre "guerre contre le terrorisme" en 2002 par les attentats de Bali (202 morts), île la plus touristique du pays.
Les autorités avaient lancé une offensive majeure contre les extrémistes islamistes et affaibli les réseaux les plus dangereux, selon des experts. Mais l'EI est parvenue à mobiliser de nouveau la frange extrémiste indonésienne.
Avec AFP