Lionrock a provoqué d'importants dégâts dans le nord-est de l'archipel en début de semaine.
Deux nouveaux décès ont été confirmés dimanche, ce qui porte le bilan total à 17 morts, selon un responsable de la préfecture d'Iwate, qui a été durement touchée.
Plusieurs personnes sont en outre toujours portées disparues.
Un nouveau typhon, Namtheune, menace désormais le sud-ouest du Japon, d'après l'Agence de météorologie nationale. Il devrait toucher terre lundi matin.
La tempête se trouvait dimanche à environ 90 kilomètres au sud-ouest d'Amakusa, et est accompagnée de vents soufflant en rafales jusqu'à 126 kilomètres par heure.
L'Agence a mis en garde contre les risques de montée des eaux, d'inondations et de glissements de terrain.
Entre 20 et 30 typhons balaient chaque année l'Asie, la moitié environ affectant le Japon.
En 2013, un puissant typhon avait provoqué des glissements de terrain gigantesques sur l'île d'Oshima, au sud de Tokyo, faisant 40 morts. En 2011, 82 personnes avaient été tuées lors du passage d'une tempête.
Avec AFP