L'arrêt évoque l'arrestation à l'étranger et le transfert au Nigeria de M. Kanu, une procédure jugée illégale par les avocats, qui disent avoir fait invalider la procédure.
"L'extradition est un obstacle au procès de Nnamdi Kanu", a tweeté l'un de ses avocats Aloy Ejimakor, ajoutant que son client est "ainsi libéré de toutes charges".
M. Kanu est le chef du Mouvement indépendantiste pour les peuples indigènes du Biafra (Ipob) qui cherche une renaissance d'un État séparé pour l'ethnie igbo dans le sud-est du Nigeria.
Citoyen britannique, il avait été arrêté une première fois en 2015, mais il avait profité de sa liberté sous caution pour quitter le Nigeria en 2017.
En juin, le ministre de la Justice du Nigeria, Abubakar Malami avait annoncé que M. Kanu avait été ramené au pays pour faire face à des accusations de "terrorisme" et de "trahison". La famille de l'intéressé et ses avocats avaient estimé que l'extradition du Kenya était illégale.
Jeudi, deux de ses avocats, Ifeanyi Ejiofor et Aloy Ejimakor, ont indiqué que la cour d'appel d'Abuja avait acquitté M. Kanu en retirant les poursuites qui pesaient contre lui.
"Nous avons gagné!", a écrit Me Ejiofor sur sa page Facebook. On ignorait toutefois jeudi si M. Kanu allait être libéré de prison.
L'ex-Biafra, région déshéritée du sud-est essentiellement peuplée par la communauté Igbo, a été le théâtre d'une sanglante guerre civile entre 1967 et 1970.
Après la mort de plus d'un million de personnes, notamment de famine, et l'échec de la rébellion, la "République du Biafra" avait fini par réintégrer le Nigeria, pays de près de 200 millions d'habitants régulièrement secoué par des tensions intercommunautaires. Cependant, les velléités indépendantistes n'ont pas disparu.
Le sud-est du Nigeria est en proie à une recrudescence des violences, imputées par les autorités à l'Ipob, qui a nié à plusieurs reprises toute responsabilité.
Les attaques ciblées ont tué plus de 100 policiers et autres membres des forces de sécurité dans la région depuis le début de l'année, d'après les décomptes des médias locaux.