Sa démission complique un peu plus encore la situation du département d'Etat, dont de nombreux postes de hauts responsables sont vacants, suscitant de vives critiques à Washington.
L'an dernier, ce diplomate de carrière âgé de 60 ans, parmi les plus expérimentés aux Etats-Unis, avait dirigé par intérim la diplomatie américaine durant deux semaines, entre le départ de l'ex-secrétaire d'Etat démocrate John Kerry et la confirmation, par le Sénat, de l'actuel Rex Tillerson.
Dans une lettre à ses collègues, Thomas Shannon assure que sa décision, après 34 ans dans la diplomatie, est "personnelle", pour s'occuper de sa famille et "prendre une nouvelle direction" pour les années à venir.
"Je veux exprimer ma profonde gratitude au secrétaire d'Etat et au président pour le privilège d'avoir servi aux plus hauts niveaux du département d'Etat cette dernière année", ajoute-t-il, semblant ainsi écarter toute motivation politique. Il rappelle avoir "servi sous six présidents et dix secrétaires d'Etat".
La porte-parole du département d'Etat Heather Nauert a salué sur Twitter "un patriote" et "un grand Américain" qui "a donné sa vie au service des Américains". "C'est triste, mais c'est sa décision et nous la respectons", a dit à des journalistes le sous-secrétaire d'Etat pour les Affaires publiques Steve Goldstein.
Depuis un an et l'arrivé de la nouvelle administration républicaine, de nombreuses démissions de diplomates ont alimenté la chronique car elles ont souvent été accompagnées de critiques virulentes de la gestion du département d'Etat par Rex Tillerson, ex-PDG du géant pétrolier ExxonMobil qui a reçu la consigne de réduire fortement le budget.
D'autant que 13 des postes de sous-secrétaire d'Etat et de secrétaire d'Etat adjoint, ainsi que des dizaines de postes d'ambassadeur, n'ont toujours pas été pourvus depuis l'élection de Donald Trump. De nombreux diplomates américains mais aussi étrangers déplorent les "dysfonctionnements" du département d'Etat, soumis à une vaste réorganisation pilotée par Rex Tillerson.
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Alors que la crise du nucléaire nord-coréen est considérée comme le premier défi international des Etats-Unis, l'ambassadeur à Séoul n'a par exemple toujours pas été nommé.
"Celui qui compte, c'est moi. Je suis le seul qui compte", avait répondu en novembre le président américain à la chaîne Fox News qui l'interrogeait sur sa lenteur à nommer des hauts diplomates. "Nous n'avons pas besoin de tout ce monde, ça s'appelle faire des économies", avait-il ajouté.
Thomas Shannon a toutefois promis de rester jusqu'à l'arrivée d'un successeur.
Avec AFP