M. Khan, 65 ans, partait grand favori pour ce vote face à son unique rival en lice, Shahbaz Sharif, chef de file du PML-N - la Ligue musulmane pakistanaise, l'ancien parti au pouvoir - et frère de l'ancien Premier ministre Nawaz Sharif.
L'ancien sportif a obtenu 176 voix, selon le président de l'assemblée Asad Qaiser. Il lui en fallait 172 pour être élu. Son concurrent en a reçu 96.
L'annonce de la victoire de M. Khan a été saluée par une ovation dans l'hémicycle. Le futur chef du gouvernement, qui pourrait prêter serment dès samedi, est pour sa part resté assis, souriant aux caméras et répondant aux saluts, un chapelet à la main.
Les chances de Shahbaz Sharif, qui avait un temps espéré rassembler l'opposition derrière lui, étaient apparues faibles dès le début. Plusieurs grands partis se sont de fait abstenus lors du vote, ont rapporté les médias d'Etat.
Le parti de M. Khan, le Pakistan Tehreek-e-Insaf ("Mouvement pour la justice au Pakistan"), ou PTI, avait largement remporté les législatives du 25 juillet. Mais il n'avait pas obtenu assez de sièges pour pouvoir former à lui seul le gouvernement. Depuis le scrutin, des négociations avec d'autres partis et élus indépendants allaient bon train pour créer une coalition.
La victoire de M. Khan aux élections ouvre une nouvelle ère politique pour le pays, interrompant des décennies d'alternance politique entre le PML-N et le Parti du peuple pakistanais (PPP), entrecoupée de périodes de pouvoir militaire.
Le Pakistan, né de la partition de l'Inde coloniale britannique et qui a soufflé cette semaine ses 71 bougies, a été dirigé par l'armée pendant près de la moitié de son histoire mouvementée.
L'ex-champion s'est fait élire sur la promesse de l'avènement d'un "nouveau Pakistan" et en s'engageant à lutter frontalement contre la corruption et la pauvreté.
Avant même la tenue formelle du vote de vendredi, M. Khan a reçu les félicitations de la Prix Nobel de la Paix Malala Yousafzaï.
La jeune Pakistanaise s'est dite "encouragée (...) par l'accent mis sur l'éducation pour les enfants du Pakistan" par Imran Khan et "impatiente" de participer aux efforts pour scolariser les "13 millions de jeunes Pakistanaises" actuellement hors du système scolaire.
- Economie dégradée -
Le PTI a déjà nommé un gouvernement provincial dans son fief du Khyber Pakhtunkhwa (Nord-Ouest) et formé une alliance avec des partis régionaux dans la province du Baloutchistan (Sud-Ouest).
Il devrait être amené dans les prochains jours à former une coalition avec le PML-N dans la province centrale du Pendjab, la plus riche et la plus peuplée du pays. La province du Sindh (Sud) reste aux mains du PPP.
Le PTI a également obtenu cette semaine les postes de président et vice-président de l'Assemblée nationale, ce qui devrait aider M. Khan à mettre en oeuvre son programme de réformes.
Parmi les principaux défis qui attendent le gouvernement Khan figurent la situation sécuritaire du pays, en amélioration mais toujours précaire dans certaines zones et une population en pleine expansion.
Il fera aussi face à une situation économique dégradée, qui pourrait le contraindre à requérir très rapidement un prêt du FMI, et à d'énormes problèmes de ressources en eau.
Enfin, et bien que M. Khan semble actuellement entretenir de bonnes relations avec les généraux, il pourrait comme nombre de ses prédécesseurs se retrouver à terme en conflit avec eux sur les questions de défense et de politique étrangère, qu'ils sont réputés contrôler.
La campagne électorale, brève et acrimonieuse, a été dépeinte par certains observateurs comme une des plus "sales" de l'histoire du pays en raison de nombreuses manipulations présumées de la part de l'armée en faveur d'Imran Khan.
Elle a aussi été marquée par une visibilité accrue des partis religieux extrémistes et par des accusations de fraudes le jour du scrutin.
Avec AFP.