"Je mets fin par la présente à votre affectation au poste de ministre des Finances", a écrit le chef de l'Etat Edgar Lungu dans une lettre adressée à Mme Mwanakatwe et citée dans un communiqué de la présidence zambienne.
Aucune explication officielle n'a été avancée à ce départ.
Margaret Mwanakatwe a été remplacée par le gouverneur adjoint de la banque centrale de Zambie, Bwalya Ng'andu.
La Zambie est étranglée par une forte dette publique, qui s'élève officiellement à un peu moins de 9 milliards d'euros. Mais les marchés soupçonnent le gouvernement d'en cacher une bonne partie.
Avec une croissance en berne pour cause de chute des prix du cuivre, principale ressource de la Zambie, les rumeurs vont bon train sur les difficultés du pays à respecter ses échéances financières.
L'opposition a qualifié de "changement cosmétique" le départ de Margaret Mwanakatwe.
"L'indiscipline fiscale n'est pas au sein du ministère des Finances mais au sein du gouvernement tout entier", a estimé le porte-parole du Parti uni pour le développement national (UPND), Charles Kakoma, interrogé par l'AFP.