Après dépouillement de trois-quarts des bureaux de vote, M. Mutharika était crédité de 40,49% des suffrages, devant M. Chakwera avec 35,44% des voix, a annoncé la Commission électorale (MEC) à la mi-journée.
La majorité des bureaux déjà recensés sont situés dans le sud du pays, traditionnellement favorable au président Mutharika, ont toutefois relevé les analystes politiques, suggérant que le sort du scrutin n'était pas encore scellé.
Mercredi soir, son rival Chakwera, à la tête du parti du Congrès du Malawi (MCP) de l'ancien dictateur Hastings Banda (1964-1994), avait affirmé être "très largement en tête", selon des chiffres compilés par son propre état-major.
Il avait également mis en garde le pouvoir contre toute velléité de vouloir truquer les résultats de l'élection.
"Vous qui êtes au pouvoir, je vous connais, vous êtes en train d'essayer de truquer ces élections", avait-il lancé, "je défendrai la Constitution de ce pays avec mon sang s'il le faut".
A la tête du Parti démocratique progressiste (DPP), M. Mutharika, 78 ans, a fait campagne en louant son action au pouvoir pour améliorer les infrastructures du pays, notamment les routes.
Mais sa présidence a été marquée par un fort mécontentement populaire, alimenté des pénuries de nourriture et des coupures d'électricité et par un scandale de pots-de-vin à la suite de l'attribution d'un contrat de millions de dollars à la police.
- Tensions -
Son bilan économique est mitigé : la croissance a baissé de 5,7% à 4% depuis 2014 mais le taux d'inflation a reculé de 23 à 9%, selon le Fonds monétaire international (FMI).
Le chef de l'opposition Lazarus Chakwera a dénoncé pour sa part les affaires de corruption qui ont terni le mandat de M. Muthurika et appelé au changement.
Déjà battu par M. Muthurika en 2014, il bénéficie cette fois du soutien de poids de l'ex-président Joyce banda (2012-2014) et espère bien prendre sa revanche.
Loin derrière ce duo de tête, le vice-président en rupture de ban Saulos Chilima était crédité jeudi de 18% des suffrages, selon les résultats partiels officiels.
Le taux de participation des quelque 6,8 millions d'électeurs enregistrés n'était pas encore connu.
Malgré les accusations du chef de l'opposition, la société civile malawite et les observateurs internationaux se sont jusque-là déclarés satisfaits du déroulement des opérations électorales.
Ceux de l'Union européenne (UE) ont salué jeudi un scrutin "bien organisé, inclusif, transparent et équitable". Ils ont toutefois regretté les tensions apparues pendant la campagne à cause "de nombreuses allégations de fraude".
De nombreux incidents avaient émaillé les opérations lors des élections générales précédentes en 2014.
Avant-même la publication des premiers résultats partiels, analystes et commentateurs politiques ont dit redouter des tensions à l'approche de la proclamation des résultats.
"L'élection s'annonce très serrée, le gagnant va l'emporter sans majorité absolue", a souligné le Dr Nandin Patel, professeur de sciences politiques à l'université catholique de Blantyre. "En termes de crédibilité, l'élection de 2019 se présente comme un nouveau défi pour le Malawi".
