Quatorze personnes ont également été blessées selon le porte-parole du gouverneur provincial, mais ce bilan pourrait évoluer alors que les opérations de nettoyage se poursuivent dans l'enceinte du complexe.
"Les combats sont terminés, les forces de sécurité sont en train de nettoyer le bâtiment. Selon nos premières informations un civil a été tué ainsi qu'un soldat et 14 blessés ont été emmenés à l'hôpital", a déclaré à l'AFP Attaullah Khogyani.
Le corps d'un des assaillants qui a déclenché sa veste explosive a été découvert sur place et un autre a été abattu par les forces de sécurité, a-t-il ajouté, précisant que le nombre total des terroristes, qui portaient des uniformes militaires, reste incertain.
L'opération n'a pas été revendiquée mais les talibans, ont fait savoir via Twitter qu'ils n'en étaient pas responsables: "Nos moudjahidines ne sont pas impliqués dans l'attaque de Jalalabad", a assuré leur porte-parole Zabiullah Mujahid.
L'attaque a commencé peu après 09H00 (04H30 GMT) par un attentat à la voiture piégée devant le complexe qui abrite l'ONG, permettant à plusieurs assaillants, deux ou trois selon les sources, de pénétrer à l'intérieur de l'enceinte.
"J'ai entendu une énorme explosion, ça ressemblait à une voiture piégée. Nous nous sommes mis à couvert et j'ai vu un homme armé d'un RPG (lance-roquettes) tirer contre la porte principale pour entrer dans le complexe", a rapporté un témoin hospitalisé, Mohammad Amin.
Il s'était rapidement échappé en sautant par la fenêtre, se blessant à la jambe.
'Crime de guerre'
Plus d'une heure après le début de l'attaque, à 10H20, un employé retranché à l'intérieur des locaux a lancé un appel à l'aide à un ami via le réseau WhatsApp: "Je suis vivant, priez pour moi: j'entends au moins deux assaillants au deuxième étage, ils nous cherchent" écrit-il. "Appelez les forces de sécurité".
Un autre employé, joint à l'intérieur, a également fait état de tirs après l'explosion, évoquant selon lui "une attaque complexe".
Par ce mode opératoire, désormais habituel, les assaillants s'ouvrent la voie en déclenchant une explosion - kamikaze ou voiture piégée - avant d'investir les locaux visés.
Deux véhicules dont un au moins appartient à l'ONG ont brûlé, dégageant une épaisse fumée noire au-dessus du quartier.
Cet attentat survient quatre jours après l'attaque d'un grand hôtel de Kaboul, revendiquée par les talibans, qui a fait plus d'une vingtaine de morts dont 14 étrangers, ces derniers spécifiquement ciblés par les membres du commando selon les rescapés.
Une source sécuritaire occidentale à Jalalabad a fait état de "nombreuses menaces" ces derniers jours, mais estimé qu'elles ne visaient pas spécifiquement les étrangers.
Jalalabad, capitale du Nangarhar à la frontière pakistanaise, est envahie de talibans et de membres du groupe Etat islamique qui ont fait de plusieurs districts de cette province leur base arrière en Afghanistan.
Le dernier attentat en date dans la ville avait fait 18 morts le 31 décembre: les victimes, qui assistaient à des funérailles, avaient été tuées par une moto piégée.
La tuerie n'avait pas été revendiquée, mais les talibans avaient précisé qu'ils n'avaient rien à voir.
L'ONG Save the Children est présente en Afghanistan depuis 1976; à Kaboul elle vient notamment en aide aux enfants travaillant dans la rue mais dispose d'un bon réseau à travers le pays.
Pour la Mission des Nations unies en Agfhanistan (Manua), "attaquer une organisation humanitaire constitue une claire violation du droit international et peut relever du crime de guerre", a-t-elle rappelé sur Twitter.
Avec AFP