"Les fortes pluies ont fait 33 morts", a déclaré Mme Nomusa Dube-Ncube, ministre de la province du KwaZulu-Natal, dont Durban est la principale métropole.
Dix enfants sont portés disparus à Durban et 42 personnes ont été blessés, a-t-elle ajouté. Parmi les morts figure un bébé de six mois et un enfant d'une dizaine d'années.
Au moins 145 personnes ont été déplacées par les inondations, selon le gouvernement.
En plus de maisons écroulées et de routes inondées, des conduites d'évacuation d'eau sont bouchées et des pylones électriques sont tombés.
Des renforts militaires ont été envoyés en soutien aux services de secours dans certaines zones particulièrement touchées par les pluies.
Les précipitations ont touché durant le week-end et la nuit de lundi à mardi tout le sud et l'est de l'Afrique du Sud.
Les services météorologiques sud-africains ont averti de la poursuite jusqu'à mercredi de cette épisode de précipitations, pouvant notamment affecter les axes routiers et les ponts situés dans les zones les plus basses du pays.