Ces migrants venus d'autres pays africains sollicitent depuis des mois l'aide du Haut-commissariat des Nations unies aux réfugiés (HCR) pour obtenir leur transfert dans un autre Etat.
Ils ne se sentent pas en sécurité en Afrique du Sud depuis une vague de violences xénophobes qui a fait au moins 12 morts et d'importants dégâts en septembre.
Après avoir été expulsés en octobre des locaux du HCR au Cap, ils avaient trouvé refuge dans une église méthodiste et sur une place de la très touristique ville du Cap.
Début mars, les migrants qui campaient sur la place ont été évacués. Ceux installés dans l'église les ont suivis jeudi.
Des centaines de policiers, le visage protégé par des masques, ont pénétré dans l'édifice religieux après en avoir cassé les portes en bois.
"Nous jeter dehors, ce n'est pas sûr à cause du virus", a lancé une réfugiée congolaise, Aline Bukuru. "L'Afrique du Sud sera punie pour ça", ont réagi d'autres réfugiés alors qu'ils quittaient l'église avec leurs bagages.
Ils ont été conduits vers un site hors de la ville qui accueille les sans domicile fixe pendant la pandémie.
Les réfugiés, qui vivaient dans des conditions sanitaires déplorables dans l'église, ont fait part de leur inquiétude sur le choix du lieu de leur relocalisation temporaire. "Quand on reste avec des sans-abri, on n'est pas en sécurité. On est exposé aux drogues et à de nombreux dangers", a estimé Aline Bukuru.
L'Afrique du Sud est le pays d'Afrique sub-saharienne le plus touché par le Covid-19, avec plus de 1.300 cas confirmés, dont cinq décès.