Les trois victimes ont été tuées lors d'une manifestation mardi devant le siège à Gao de la Mission de l'ONU au Mali (Minusma).
Les victimes sont mortes par balles tirées par la Monusco, selon des témoins interrogés par l'AFP.
Les protestataires dénonçaient un accord de la Minusma avec les rebelles. L’accord devait, selon les manifestants au désarmement ou au retrait des forces loyalistes de la ville.
La manifestation a poussé la Minusma à revenir sur l’accord et retirer le document.
M. Ban a exprimé sa tristesse face à ces violences et a assuré que l'enquête qu'il a diligentée permettra de "faire la lumière" sur cet incident, a indiqué son porte-parole, Stéphane Dujarric.
La Minusma, déployée depuis juillet 2013 à la suite de l'opération Serval lancée par la France pour chasser les jihadistes du nord du Mali, a reconnu une possible responsabilité, après avoir assuré dans un premier temps que ses troupes n'avaient pas ouvert le feu sur les manifestants.
Le président malien Ibrahim Boubacar Keïta s'est rendu à Gao jeudi "pour réconforter les populations", selon l'un de ses proches collaborateurs.
