L'assaillant, déguisé en père Noël selon des médias turcs, a semé la mort dans la discothèque branchée Reina, située sur la rive du Bosphore.
"Les recherches pour retrouver le terroriste sont toujours en cours. J'espère qu'il va être rapidement capturé", a indiqué dimanche matin le ministre turc de l'Intérieur Süleyman Soylu, parlant d'une "attaque terroriste".
Selon lui, les premiers éléments de l'enquête ont révélé que l'assaillant avait dissimulé le fusil qu'il a utilisé pour perpétrer le carnage sous un manteau et aurait quitté les lieux en portant des habits différents.
Vingt des 39 victimes ont d'ores et déjà été identifiées et parmi elles figurent 15 étrangers et cinq Turcs, a précisé le ministre
L'attaque a aussi fait 65 blessés, dont quatre grièvement atteints, a-t-il indiqué.
Les nationalités des victimes étrangères n'ont pas été précisées dans l'immédiat par les autorités turques.
Mais la Belgique a annoncé qu'un ressortissant belge au moins aurait été tué dans l'attaque et Paris a fait état de trois Français blessés.
Israël a aussi affirmé qu'une des ses ressortissantes a été blessée et qu'une deuxième était portée disparue.
L'assaillant a ouvert le feu sur la foule à 01H15 dimanche (22H15 GMT samedi) dans la discothèque où 700 à 800 personnes fêtaient le passage à l'année 2017. Nombre d'entre elles ont plongé dans les eaux glacées du Bosphore pour échapper à la mort, selon les médias turcs.
Le président Recep Tayyip Erdogan a affirmé dimanche que cet attentat visait à "détruire le moral du pays et semer le chaos" .
'Sauvage et impitoyable'
"Cela ne fait aucune différence qu'un tel massacre inhumain vise un marché, un lieu de divertissement ou un lieu de culte", a pour sa part réagi Mehmet Gormez, le chef de Diyanet, la principale autorité religieuse musulmane de Turquie.
Le tireur a abattu un policier et un civil qui se trouvaient devant cette boite de nuit prisée des touristes étrangers, avant de s'engouffrer à l'intérieur et de commettre un carnage, a précisé le gouverneur de la ville Vasip Sahin.
"D'une façon sauvage et impitoyable, il a mitraillé des personnes qui étaient simplement venues célébrer le Nouvel An", a déclaré le gouverneur.
Les autorités avaient annoncé avoir déployé 17.000 policiers dans Istanbul afin d'encadrer les festivités du Nouvel An. Elles avaient par ailleurs précisé que des policiers seraient déguisés en père Noël pour détecter la moindre anomalie au sein des foules.
"Nous étions venus pour passer un bon moment aujourd'hui, mais tout s'est soudain transformé en chaos et en nuit d'horreur", a raconté à l'AFP Maximilien, un touriste italien.
"Quand j'avançais, des gens piétinaient d'autres gens", confie Sefa Boydas, un footballeur professionnel qui se trouvait dans la boîte de nuit, en décrivant la panique qui s'est emparée de la foule.
Le Reina est situé à quelques centaines de mètres de l'endroit où avaient lieu les célébrations officielles du Nouvel An, au bord du Bosphore.
Des vidéos publiées sur les réseaux sociaux montrent un homme débouler devant l'entrée de la discothèque en tirant, semant la panique parmi les personnes rassemblées.
'Crime cynique'
La Maison Blanche a condamné une "horrible" attaque. "De telles atrocités perpétrées sur des innocents venus pour la plupart célébrer le Nouvel An soulignent la sauvagerie des assaillants", a déclaré Ned Price, porte-parole du Conseil de sécurité nationale.
"Il est difficile d'imaginer crime plus cynique que de tuer des civils pendant la célébration du Nouvel An. Nous avons tous le devoir de combattre avec détermination les agressions terroristes", a affirme le président russe Vladimir Poutine dans un message de condoléances à M. Erdogan.
Le président français François Hollande a condamné cet attentat "avec force et indignation"
La Turquie a été la cible de nombreuses attaques qui ont notamment ensanglanté Ankara et Istanbul, où, il y a à peine trois semaines, un attentat revendiqué par un groupe radical kurde a fait 45 morts, dont une majorité de policiers.
Membre de la coalition internationale qui combat l'EI en Syrie et en Irak, la Turquie a déclenché en août une offensive dans le nord de la Syrie pour repousser les jihadistes vers le sud.
En réaction à ces opérations militaires, l'EI a à plusieurs reprises menacé d'attentats la Turquie, qui a imputé au groupe jihadiste la responsabilité de plusieurs attaques meurtrières commises sur son territoire en 2016.
Avec AFP