Cette annonce intervient après une réunion des ministres des Affaires étrangères et de l'Irrigation ainsi que des responsable du renseignement des trois pays mardi à Addis Abeba.
La réunion, qui s'est terminée mercredi à 03H00 du matin, s'est achevée sur une "note positive", a déclaré le ministre éthiopien de l'Energie, de l'Irrigation et de l'Electricité, Sileshi Bekele.
"Nous avons réussi à trouver un certain nombre d'approches gagnant-gagnant", a-t-il déclaré à la presse à Addis Abeba.
De précédentes sessions de pourparlers s'étaient achevées sur un échec.
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L'Egypte craint que la construction du barrage de la Renaissance sur le Nil Bleu, entamée en 2012 et d'un coût de 4 milliards de dollars (3,2 milliards d'euros), n'entraîne une réduction du débit du fleuve, dont elle dépend à 90% pour son approvisionnement en eau.
Le président égyptien Abdel Fattah al-Sissi a salué mercredi une "avancée" dans les discussions, affirmant avoir reçu l'assurance que "la part de l'Egypte ne sera pas affectée".
"Nous voulons simplement transformer ces discours en procédures (...) de manière à ce que nous parlions d'engagements précis que nous devons tous mettre en oeuvre et faire fonctionner", a-t-il dit.
Le Premier ministre éthiopien Abiy Ahmed avait assuré le 3 mai à Khartoum, après un entretien avec le président soudanais Omar el-Béchir, que son pays n'avait "aucune intention de nuire au Soudan ou à l'Egypte".
Le Caire s'inquiète surtout de la vitesse à laquelle le réservoir du barrage serait rempli.
Le comité scientifique sera composé d'experts indépendants provenant d'universités des trois pays et se concentrera sur le fonctionnement du barrage et la vitesse de remplissage du réservoir. Il doit achever ses travaux d'ici à trois mois.
Par ailleurs, une société française chargée d'étudier l'éventuel impact du barrage sur l'environnement répondra aux questions des trois pays le 18 ou 19 juin, a indiqué M. Sileshi.
Les représentants des trois pays doivent se rencontrer tous les six mois pour évoquer des sujets régionaux comme le commerce et les infrastructures, ainsi que le barrage. L'objectif est de "rendre ces pays beaucoup plus proches grâce à des efforts de développement", a-t-il ajouté.
La prochaine session de pourparlers de haut niveau est prévue le 3 juillet au Caire.
Le barrage de la Renaissance est censé devenir la plus grande centrale hydroélectrique d'Afrique, avec une production de 6.000 mégawatts.
Le Nil Bleu, qui prend sa source en Ethiopie, rejoint le Nil Blanc à Khartoum pour former le Nil qui traverse le Soudan et l'Egypte avant de se jeter dans la Méditerranée.
