Le scrutin se déroulait dans le calme et toute la matinée, les électeurs sont arrivés au compte-gouttes dans les bureaux de Djibouti-ville. L'élection est boycottée par une partie de l'opposition.
M. Guelleh, 68 ans, brigue un quatrième mandat de cinq ans, après avoir fait modifier la Constitution en 2010 pour en supprimer toute limitation. Il est opposé à cinq candidats, dont trois indépendants.
Les rues de la capitale, écrasées par la chaleur et quasi désertes à l'ouverture des bureaux de vote à 6h heure locale (3hTU), hormis le déploiement de forces de sécurité, ont commencé à s'animer en fin de matinée.
Quelque 187.000 électeurs, soit un peu moins du quart de la population (875.000 habitants), étaient appelés aux urnes dans les 455 bureaux de vote du pays. Les résultats sont attendus vendredi soir.
Wihib Rageh, un technicien de 46 ans, ne tarissait pas d'éloges sur le président, au pouvoir depuis 17 ans. "Le temps ne compte pas. Ce qui compte, c'est ce que la personne a fait. L'essentiel est de construire le pays", a-t-il estimé.
Houssein, au chômage comme environ 60% des Djiboutiens, ne partageait pas cet avis. "Il faut quelque chose de différent. IOG est un homme clair, droit. Mais il faut essayer autre chose" a-t-il glissé avant d'entrer dans l'isoloir.
Des candidats d'opposition ont rapporté des dysfonctionnements, affirmant que leurs représentants avaient été refoulés dans plusieurs bureaux de vote.
- M. Guelleh confiant -
"Nous demandons au gouvernement de réparer cela et d'organiser une élection transparente, libre, équitable et juste", a déclaré à l'AFP Djama Abdirahman Djama (indépendant).
Détendu et souriant, M. Guelleh a voté à la mi-journée dans le bureau de vote de la préfecture à Djibouti-ville, en compagnie de son épouse. "Je suis très confiant. Je pense que le vote va bien se passer" a-t-il dit.
Djibouti, ancienne colonie française où plusieurs grandes puissances (Etats-Unis, France, Japon et bientôt la Chine) disposent de bases militaires pour profiter de son positionnement stratégique entre l'océan Indien et le canal de Suez, n'a connu que deux présidents depuis son indépendance en 1977.
Ismaël Omar Guelleh, dit "IOG", a succédé en 1999 à Hassan Gouled Aptidon, père de l'indépendance de ce petit pays de la corne de l'Afrique, après en avoir été pendant 22 ans le chef de cabinet.
L'opposition, qui avait réussi à se rassembler pour les législatives de 2013 sous la bannière de l'Union pour le salut national (USN), est cette fois-ci morcelée.
Trois partis membres de l'USN, dont le MRD de Daher Ahmed Farah, son ex-porte-parole, ont décidé de boycotter le scrutin, dénonçant une "mascarade électorale".
- Chômage et pauvreté -
Ils estiment qu'un des points-clés d'un accord signé fin 2014 avec le gouvernement - la création d'une commission électorale indépendante - n'a pas été respecté, ce que conteste le régime.
Pour arracher cet accord, l'opposition avait dû accepter de n'avoir que 10 députés, au lieu des 52 auxquels elle estimait avoir droit, considérant avoir gagné les législatives de 2013.
Le reste de l'USN n'a pas pu s'accorder sur une candidature unique et est représenté par deux candidats : Mohamed Daoud Chehem et Omar Elmi Khaireh.
Les organisations de défense des droits de l'Homme ont dénoncé ces derniers mois la répression de toute voix dissidente, symbolisée selon elles par le "massacre" du 21 décembre 2015.
L'intervention de la police lors d'une cérémonie traditionnelle à Balbala, un quartier populaire de Djibouti-ville, avait fait 27 morts, selon la Fédération internationale des ligues des droits de l'Homme (FIDH). Le bilan officiel est de sept morts.
Le président Guelleh entend incarner la stabilité et fait valoir la nécessité pour Djibouti de poursuivre sa politique de grands travaux (ports, chemins de fer, oléoducs, gazoducs...), largement financés par la Chine.
Ces projets favorisent la croissance économique (6% en 2014, selon la Banque mondiale) mais la population n'en profite pas. Le taux de chômage avoisine les 60%, et 79,4% des Djiboutiens vivent en-dessous du seuil de pauvreté relative.
Avec AFP