Poursuivi pour l'assassinat de centaines de civils, Jamil Mukul a été arrêté en Tanzanie en avril, avant d'être extradé en Ouganda début juillet. Interpol avait émis à son encontre un mandat d'arrêt à la demande de Kampala.
"Il est accusé de crimes contre l'humanité et de meurtre de masse" ainsi que de trahison, a déclaré Fred Enanga à l'AFP. "Il a été inculpé avec deux de ses complices et la cour commence à entendre le cas", a-t-il ajouté.
Jamil Mukulu est apparu sous haute surveillance au tribunal à Jinja, à 85 kilomètres à l'est de la capitale Kampala, avec deux autres hommes accusés d'être des membres des ADF.
Les journalistes se sont vus refuser l'accès au tribunal pendant l'audience mais ont pu photographier les prévenus.
Les rebelles musulmans des ADF, opposés au président ougandais Yoweri Museveni, sont basés depuis 1995 dans l'est de la République Démocratique du Congo, où ils mènent des attaques contre les civils. Ils sont accusés d'avoir tué plus de 300 personnes dans la région de Beni, dans la province du Nord-Kivu, depuis octobre dernier. Leur numéro trois, Kasada Karume, a été tué dans l'est de la RDC le 25 avril, selon l'armée congolaise.
En décembre, une opération conjointe de l'armée congolaise et de la Mission de l'ONU en République démocratique du Congo (Monusco) avait contribué à ramener le calme mais les tueries n'ont pas cessé totalement et se sont étendues à des zones limitrophes de la Province-Orientale voisine.
Les Etats-Unis ont ajouté les ADF à leur liste d'organisations terroristes en 2001, et l'Ouganda les accuse d'avoir des liens avec les insurgés islamistes somaliens shebab et Al-Qaïda.
Alors que ces liens n'ont pas été clairement établis, le général Jean Baillaud, commandant adjoint de la force de la mission onusienne (Monusco), a déclaré récemment que les ADF avaient un "aspect terroriste" pouvant les rapprocher des mouvements djihadistes africains.
Un rapport de l'ONU publié en mai note que les crimes commis par ces miliciens dans la région de Beni au dernier trimestre 2014 "ont été systématiques et d'une extrême brutalité" et "pourraient constituer, de par leur type et leur nature, des crimes de guerre et des crimes contre l'humanité".
Avec AFP