Six personnes - pour la plupart des militants de son parti l'Alliance nationale pour le changement (ANC) - sont détenues dans certaines prisons du pays.
"Nous demandons la libération immédiate de toutes les personnes encore en détention dans ce dossier et l'indemnisation de tous ceux qui ont subi de dommages", a déclaré M.Fabre lors d'une conférence de presse.
"Nous exigeons la levée de toutes les inculpations et l'ouverture d'une enquête indépendante, afin que lumière soit faite sur ce dossier", a-t-il indiqué.
Fabre est également inculpé dans cette affaire et placé sous contrôle judiciaire.
Le principal bâtiment du marché de Lomé et le marché de Kara (à 420 km au nord de la capitale) avaient été ravagés par des incendies, en janvier 2013, qui n'avaient pas fait de victimes mais occasionné des pertes matérielles estimées à près de 6 milliards de F.CFA (soit 9 millions d'euros).
Au total, 37 personnes - pour la plupart des militants de l'opposition - avaient été inculpées pour "association de malfaiteurs et destructions volontaires par incendie" et placées sous contrôle judiciaire, au lendemain d'une enquête ouverte par le gouvernement.
Une personne était morte en détention le 10 mai 2013.
L'opposition a manifesté à plusieurs reprises à Lomé pour exiger la libération des détenus et l'ouverture d'une enquête indépendante.
En janvier 2016, Amnesty International avait dénoncé la "longue durée" de ces détentions préventives et appelé un procès "dans les plus brefs délais".
"Si les charges retenues contre sept personnes en détention préventive depuis trois ans sont maintenues, le Togo doit, dans les plus brefs délais, organiser un procès équitable", écrivait l'organisation de défense des droits de l'homme dans un communiqué.
Avec AFP