Le pape argentin a quitté Rome peu après 09H00 GMT à destination de Bogota, a constaté l'AFP. Le plan de vol de l'avion pontifical a été modifié pour prendre en compte l'arrivée de l'ouragan Irma dans les Caraïbes, selon le Vatican.
L'Airbus A330 du pape était attendu vers 16H30 locales (21H30 GMT) à Bogota, et on ignore si cette modification aura un impact sur cet horaire.
"La paix est ce que la Colombie recherche depuis si longtemps et à laquelle elle travaille. Une paix stable, durable, afin de se voir et de se traiter en frères, jamais en ennemis", a affirmé le pape dans un message vidéo diffusé deux jours avant son départ.
Dans l'avion, il a appelé à prier pour le Venezuela voisin, plongé depuis des mois dans une grave crise politique et économique.
"Je voudrais dire que lors de ce vol, nous survolerons le Venezuela et vous demander de prier pour qu'il puisse y avoir un dialogue, une forte stabilité et un dialogue pour tous", a-t-il déclaré devant les journalistes l'accompagnant.
"Un voyage un peu spécial parce qu'il s'agit d'un voyage pour aider la Colombie à aller de l'avant sur le chemin de la paix", a ajouté Jorge Bergoglio.
François, premier pape latino-américain dans l'histoire de l'Eglise catholique, s'est déjà rendu trois fois en Colombie, lorsqu'il était prêtre et archevêque de Buenos Aires.
Sa visite intervient cette fois à un moment crucial, après l'accord de paix conclu l'an dernier entre le gouvernement de Bogota et la guérilla marxiste des Farc et le cessez-le-feu temporaire annoncé lundi par l'autre guérilla, l'ELN, non signataire de l'accord.
La guerre civile, qui hante la Colombie depuis 52 ans, a fait quelque 260.000 morts, 60.000 disparus et plus de sept millions de déplacés.
- 'Fils du même Père' -
"La paix nous rappelle que nous sommes tous fils du même Père, qui nous aime et nous console", a affirmé le souverain pontife, qui restera cinq jours en Colombie où il visitera quatre villes différentes et rencontrera victimes et acteurs de ce conflit.
Celui-ci continue à diviser profondément les Colombiens, dont une courte majorité avait rejeté l'accord de paix, conclu en juin à La Havane, lors d'un référendum en 2016. L'accord, modifié, a toutefois été signé en novembre de la même année.
Sur le thème "faisons le premier pas", le pape argentin, qui a toujours appuyé les négociations de paix, espère convaincre le peuple colombien de rompre avec son passé de violences et de s'engager de manière active à construire la paix.
Le pape François, âgé de 80 ans, qui vient d'annoncer un autre voyage délicat pour la fin de l'année, en Birmanie et au Bangladesh, se présente en Colombie comme un médiateur, disposé à écouter toutes les parties après avoir échoué à réconcilier en décembre le président colombien Juan Manuel Santos et son prédécesseur Alvaro Uribe, farouche opposant aux accords de paix.
Le pape avait d'abord reçu les deux hommes séparément au Vatican, avant d'organiser une audience commune de 25 minutes, sans toutefois aplanir leurs différends.
"Je me rendrai (en Colombie) en pèlerin de la paix et de l'espoir, pour célébrer avec vous la foi en notre Seigneur et pour apprendre aussi de votre charité et de votre détermination à rechercher la paix et l'harmonie", a encore assuré François dans son message vidéo adressé au peuple colombien.
Le pape rencontrera le président Santos, prix Nobel de la paix, et d'autres responsables colombiens, ainsi que de l'Eglise catholique locale.
Trois papamobiles seront mises à sa disposition, fabriquées sur place, et sans vitres blindées pour respecter son souhait d'être au plus près des fidèles.
Jésuite lui-même, le pape François rendra hommage à Carthagène des Indes au grand défenseur des esclaves, le saint jésuite Pedro Claver, figure emblématique du christianisme au XVIIe siècle.
François est le troisième souverain pontife à se rendre en Colombie après Paul VI en 1968 et Jean Paul II en 1986.
Avec AFP