M. Ssekitoleko avait disparu de l'hôtel d'Izumisano, près d'Osaka (ouest), après avoir omis de se présenter à un test de dépistage du Covid-19.
Il était sur une liste d'attente pour les JO mais a récemment perdu tout espoir de participer pour des raisons de quotas olympiques.
Dans une note retrouvée dans sa chambre d'hôtel, il disait vouloir travailler au Japon et demandait que ses affaires soient envoyées à sa famille en Ouganda.
Le sportif de 20 ans a été retrouvé "sain et sauf" mardi par la police japonaise, suscitant des remontrances de son pays d'origine, qui a évoqué "une conduite inacceptable et une tricherie".
Vendredi, annonçant son retour, le ministère des Affaires étrangères ougandais a déclaré dans un communiqué que M. Ssekitoleko avait "violé le code de conduite" de l'équipe olympique ougandaise et allait recevoir un soutien psychologique.
Le ministère s'est dit "engagé pour la réhabilitation" de l'athlète afin de l'aider dans sa carrière.
Salim Musoke Ssenkungu, président de la fédération d'haltérophilie de l'Ouganda, a déclaré à l'AFP la semaine dernière que le sportif s'était entraîné "très dur" pour sa première compétition olympique d'haltérophilie.
M. Ssekitoleko avait remporté récemment la médaille de bronze aux Championnats d'Afrique d'haltérophilie.
