Retardés deux jours par la justice, les résultats annoncés par la Commission électorale (MEC) créditent M. Mutharika de 38,57% des suffrages, devant M. Chakwera avec 35,41% des voix.
Le scrutin présidentiel se déroule en un seul tour au Malawi, la majorité relative suffit donc pour l'emporter.
Ces résultats officiels ont été proclamés peu de temps après une décision de la justice, qui avait imposé samedi la suspension de leur publication sur requête de M. Chakwera.
Le chef du parti du Congrès du Malawi (MCP) a accusé le pouvoir de vouloir truquer les résultats, signalant de nombreuses anomalies dont l'utilisation suspecte de "blanc" à corriger sur de nombreuses feuilles d'émargement.
"Les résultats imprimés par la MEC que nous avons vérifiés révèlent de graves irrégularités", avait expliqué samedi à l'AFP le porte-parole du MCP, Eisenhower Mkaka.
Après recomptage, la Haute Cour de Lilongwe a finalement levé lundi en fin d'après-midi la suspension de la publication des résultats.
Le vice-président sortant Saulos Chilima, qui a rompu avec le président sortant l'an dernier, est arrivé lui en troisième position avec 20,24% des voix, selon la MEC.
Sept candidats briguaient la magistrature suprême.
M. Chilima a lui aussi dénoncé des fraudes et demandé l'annulation complète du scrutin présidentiel.
'Anomalies sérieuses'
"Les sérieuses anomalies se sont aggravées et compromettent de façon significative la crédibilité et l'intégrité du scrutin", avait-il déclaré samedi devant la presse, "il ne faut pas laisser les fraudeurs continuer à tenir ce pays en otage".
Au lendemain des élections, la société civile locale et les observateurs internationaux, dont ceux de l'Union européenne (UE), s'étaient réjouis sans presque aucune réserve de la bonne tenue du scrutin.
De nombreux incidents avaient émaillé les élections générales précédentes en 2014.
Selon la MEC, le Parti démocratique progressiste (DPP) du président sortant est également arrivé en tête des élections législatives disputées le même jour avec 62 des 193 sièges, devant le MCP de M. Chakwera avec 55 sièges.
Le Front démocratique uni (UDF) d'Atupele Muluzi, arrivé quatrième de la présidentielle, a remporté 10 sièges et le Mouvement uni de transformation (UTM) de Saulos Chilima quatre. Le reste se répartit entre des indépendants et des petits partis.
Au pouvoir depuis 2014, Peter Mutharika a fait campagne pour un second mandat en louant ses résultats en matière d'infrastructures du pays, notamment les routes et promis de "faire du Malawi un pays meilleur d'ici cinq ans".
Ses adversaires ont dénoncé la corruption qui a entaché son premier mandat.
Peter Mutharika, qui s'était engagé à lutter contre ce fléau à son arrivée au pouvoir, s'est lui-même retrouvé impliqué dans un scandale de pots-de-vin à la suite de l'attribution d'un contrat de millions de dollars à la police.
Déjà arrivé sur la deuxième marche du podium présidentiel en 2014, M. Chakwera espérait cette fois prendre sa revanche, bénéficiant cette fois du soutien de poids de l'ancienne présidente Joyce Banda (2012-2014).
