Les services de la communication présidentielle ont publié des photos d'Ali Bongo assis à la table du Conseil, qui s'est tenu au "Palais du bord de mer", nom donné à la présidence gabonaise.
Aucune précision sur la tenue du Conseil des ministres n'avait filtré à 18h15 (17h15 GMT).
C'était le premier Conseil du nouveau chef du gouvernement, Julien Nkoghe Bekalé, nommé en janvier, ainsi que de ses ministres.
En l'absence d'Ali Bongo, le dernier Conseil des ministres du précédent gouvernement s'était tenu mi-novembre sous la présidence du vice-président Pierre-Claver Maganga Moussavou, à la suite d'une modification de la Constitution lui permettant de le faire.
Victime d'un AVC le 24 octobre alors qu'il se trouvait en Arabie saoudite, le président Bongo, rentré dimanche soir à Libreville depuis Rabat où il était en convalescence depuis trois mois, n'y était revenu qu'une seule fois depuis, très brièvement, le 15 janvier.
Il avait alors reçu la prestation de serment des ministres du nouveau gouvernement Bekalé.
Mi-février, une ministre, nommée lors d'un mini-remaniement, s'était rendue à Rabat pour prêter serment devant le président Bongo à l'ambassade du Gabon au Maroc, en présence des membres de la Cour constitutionnelle qui avaient fait le déplacement.
Lundi, M. Bongo a reçu plusieurs personnalités politiques à la présidence et est allé dans plusieurs quartiers de Libreville pour saluer des badauds de la main par la vitre ouverte de sa voiture.
Très peu d'informations ont filtré depuis quatre mois sur le président gabonais et son état de santé.
Quelques photos et vidéos officielles ont bien tenté de combler le vide et prouver que le chef de l'Etat, au pouvoir depuis 2009 après avoir pris la relève de son père décédé, Omar Bongo Ondimba, allait bien.
Il avait présenté ses voeux de nouvel an depuis Rabat, d'une voix mal assurée, lors d'une courte allocution télévisée.
Une semaine après, une tentative de putsch avait lieu à Libreville pour dénoncer l'absence du président et vouloir établir "une transition démocratique".