Les bureaux de vote ont ouvert à 08H00 et devaient fermer à 19H00 (07H00 et 18H00 GMT). La commission électorale dispose de cinq jours maximum pour proclamer les résultats, mais devrait le faire mardi ou mercredi.
A Niamey, la plupart des bureaux ont pu ouvrir sans problème, parfois avec un peu de retard, a constaté l'AFP. La fréquentation dimanche dans la capitale, fief de l'opposition, semblait moins importante qu'au premier tour où il y avait des queues devant les bureaux.
A l'école Lamartine, dans le quartier ppopulaire Bani-Zoumbou de Niamey, le premier électeur a pu voter vers 08h20. "Nous avons tout le matériel et nous avons commencé à voter sans les représentants de l'opposition", a affirmé le président du bureau Mustapha Alio Mainassara.
"Je regrette que l'opposition boycotte ces élections mais nous sommes en démocratie et chacun est libre de prendre la position qu'il souhaite", a affirmé à l'AFP le président Issoufou qui a voté vers 10H30 à Niamey.
"Il faut éviter de vaines querelles. Le vainqueur, quelqu'il soit, doit penser à rassembler les Nigériens au-delà de son camp parce que des défis importants nous attendent. Des défis sur lesquels j'ai eu à travailler. Cinq ans, ce n'est pas suffisant pour surmonter ces défis, je pense en particulier au défi sécuritaire", a-t-il dit à la presse appelant à "l'union sacrée" et rappelant les deux attaques islamistes de jeudi.
Le pays a subi deux attaques jeudi: une dans l'ouest, attribuée à Al-Qaïda au Maghreb islamique (Aqmi)a coûté la vie à trois gendarmes. L'autre, dans l'est, attribuée aux islamistes nigérians de Boko Haram, a tué un officier supérieur de l'armée.
L'issue du scrutin ne fait guère de doute: le chef de l'Etat sortant, 64 ans, qui brigue un deuxième quinquennat à la tête de ce pays ouest-africain parmi les plus pauvres du monde, a obtenu 48,43% au premier tour et négocié le ralliement de plusieurs candidats.
L'opposition, qui a annoncé qu'elle ne reconnaitrait pas le résultat, a appelé au boycott alors que, cas de figure inédit, son représentant Hama Amadou, est hospitalisé en France après avoir été emprisonné.
M. Amadou, 66 ans, a été évacué mercredi vers Paris depuis sa prison de Filingué (180 km au nord de Niamey), où il était détenu depuis novembre dans le cadre d'un trafic d'enfants présumé. Un dossier jugé "politique" par l'opposition, mais de "droit commun" par le pouvoir.
Dans ce pays enclavé de 18 millions d'habitants, les crises politiques ont souvent débouché sur des coups d'Etat ou des tentatives de coup d'Etat.
- 'Score stalinien' -
"Aqmi a voulu donner un signe avant les élections", a déclaré le ministre de l'Intérieur Hassimi Massaoudou, qui a assuré qu'aucun incident n'avait eu lieu dans la matinée.
Le 1er tour s'était déroulé de manière chaotique dans de nombreuses localités en raison de problèmes logistiques.
Pendant la campagne, M. Issoufou, ancien opposant historique du charismatique président Mamadou Tandja, a mis en avant son bilan, assurant avoir doté le pays d'infrastructures, lutté contre la pauvreté et rétabli la sécurité face à la menace islamiste.
Ancien Premier ministre, Hama Amadou, qui avait soutenu M. Issoufou au deuxième tour en 2011, a rejoint l'opposition en 2013.
Ses partisans critiquent la mauvaise gouvernance du régime et son incapacité à enrayer la pauvreté, dans un pays où 76% de la population vit avec moins de deux dollars par jour.
L'opposition a appelé à un "boycott actif sans violence". "Issoufou pourra proclamer les résultats qu'il veut, cela ne nous concerne pas", a déclaré le porte-parole de la Coalition de l'opposition pour l'alternance (Copa 2016), Ousseïni Salatou.
Avec ce boycott, le président Issoufou devrait obtenir "un score stalinien" à l'image du régime, selon l'opposition.
Avec AFP