Leurs peines seront prononcées le 3 juillet, a précisé le juge Francis Andayi, qui a acquitté le quatrième accusé.
Les trois hommes "étaient des membres du groupe terroriste shebab, dont des membres ont perpétré l'attaque à l'Université de Garissa le 2 avril 2015", a déclaré le juge Francis Andayi.
Ce dernier a estimé que l'accusation avait prouvé au-delà de "tout doute raisonnable" la culpabilité des Kényans Mohamed Ali Abikar et Hassan Edin Hassan, et du Tanzanien Rashid Charles Mberesero, notamment coupables selon lui de "conspiration pour commettre un acte terroriste" et "commission d'un acte terroriste".
Le juge n'a toutefois pas détaillé comment les trois hommes, qui ont plaidé non coupable, avaient aidé les auteurs de l'attaque.
Durant le procès, l'accusation a mis en avant des contacts, notamment téléphoniques, que les trois hommes avaient eus avec les assaillants. Le Tanzanien avait par ailleurs été vu sur le campus universitaire trois jours avant l'attaque et avait été retrouvé sous un lit de la résidence universitaire le jour de l'attaque sans pouvoir expliquer sa présence.
A l'aube du 2 avril 2015, un commando était entré dans l'université en ouvrant le feu au hasard, avant de pénétrer dans la résidence universitaire, séparant musulmans et non musulmans, laissant partir les premiers et gardant les seconds, des étudiants chrétiens en majorité.
L'accusation a appelé 22 témoins lors du procès, pour la plupart des étudiants ayant survécu à l'attaque.
Le 29 janvier, un cinquième co-accusé avait déjà été acquitté. Ce gardien de l'université était accusé d'avoir pris des photos pendant l'assaut. Mais le juge avait fait valoir que personne n'avait pu confirmer cette accusation et que les "photos (n'avaient) jamais été retrouvées".
- Assaillants et cerveau tués -
Les trois hommes reconnus coupables mercredi, qui étaient "au courant du coup", selon le juge, sont les premiers à être jugés pour cette attaque.
Les quatre assaillants avaient été tués dans l'assaut des forces de sécurité. Le cerveau présumé de l'opération, Mohamed Mohamud alias "Kuno", un Kényan ancien professeur dans une école coranique de Garissa, avait été tué en 2016 dans le sud-ouest de la Somalie.
L'attaque de Garissa a été la plus meurtrière sur le sol kényan depuis l'attentat contre l'ambassade des États-Unis à Nairobi (213 morts) en 1998, alors revendiquée par le réseau Al-Qaïda, auquel les shebab sont affiliés depuis 2012.
Les shebab visent le Kenya notamment en raison du déploiement des forces kényanes depuis 2011 en Somalie, où elles combattent les islamistes au sein de la mission de l'Union africaine dans ce pays (Amisom).
En 2013, les shebab avaient mené un assaut contre le centre commercial Westgate, à Nairobi, faisant 67 morts. Le 15 janvier, le Kenya a connu sa pire attaque depuis Garissa, quand un commando shebab a visé un complexe de Nairobi regroupant l'hôtel Dusit et des bureaux, faisant 21 morts.
La réponse des forces de sécurité à l'attaque du Dusit avait été louée pour son efficacité par la presse kényane et les spécialistes des questions de sécurité, qui ont noté un contraste saisissant avec la réponse catastrophique apportée à l'attaque du Westgate.
Depuis 2013, d'importants efforts ont été réalisés pour former les unités amenées à être déployées dans ce genre de situation.