Cet incident est le dernier en date entre les deux pays voisins depuis le début du conflit en Syrie en 2011.
Le camp visé appartient aux Forces de défense nationale (FND), la principale milice qui combat au côté du régime de Bachar al-Assad, a précisé à l'AFP un responsable des FND.
A Jérusalem, l'armée israélienne s'est refusé à tout commentaire.
"L'attaque israélienne a ciblé le camp Al-Fawwar des FND dans la localité de Qouneitra. Il y a eu trois martyrs et deux blessés", a dit le responsable sans autre précision.
L'Observatoire syrien des droits de l'Homme (OSDH), qui s'appuie sur un vaste réseau de sources en Syrie, a confirmé une attaque israélienne contre "un dépôt d'armes" dans le camp.
Une source sur place a indiqué à l'AFP que les gardes de sécurité avaient vu à l'aube "trois boules de feu" se diriger vers le camp puis entendu plusieurs déflagrations "qui ont causé des dégâts considérables autour du dépôt de munitions".
La source a dit ignorer s'il s'agissait de missiles sol-sol ou air-sol tirés à partir d'un avion. "Les pompiers ont travaillé longtemps pour éteindre le feu".
Israël occupe depuis 1967 1.200 km² du plateau du Golan (nord-est), alors que les quelque 510 km² restants sont sous contrôle syrien.
Ces dernières années, Israël a mené plusieurs attaques contre diverses cibles en Syrie, en proie à une guerre dévastatrice impliquant divers acteurs.
Vendredi, l'armée israélienne a affirmé avoir visé des positions militaires syriennes sur la localité de Qouneitra en représailles à trois tirs d'obus en provenance de son voisin du nord tombés sur la partie du Golan occupée par l'Etat hébreu.
Les tirs de part et d'autre n'avaient pas fait de victime. Une porte-parole militaire israélienne avait indiqué qu'il s'agissait "très probablement de tirs errants".
Les tirs errants au mortier en provenance de la Syrie sont fréquents sur le Golan.
Israël et la Syrie restent officiellement en état de guerre. La ligne de cessez-le-feu sur le Golan était considérée comme relativement calme avant que la guerre n'éclate en Syrie.
Israël suit avec la plus grande attention les événements chez son voisin syrien, où le régime est de surcroît soutenu dans sa bataille contre les rebelles et les jihadistes par le Hezbollah libanais et l'Iran, deux grands ennemis d'Israël.
L'Etat hébreu a reconnu aussi avoir mené des frappes aériennes en Syrie contre des convois de livraisons d'armes destinés selon lui au Hezbollah.
Dans le plus sérieux accrochage depuis 2011, l'armée de l'air israélienne a ciblé le 17 mars en Syrie un convoi d'armes "sophistiquées", présenté comme destiné au Hezbollah. Le raid a provoqué une riposte de l'armée syrienne dont un des missiles tirés en direction d'Israël a été intercepté.
Avec AFP