La caricature montre le président rwandais Paul Kagame assis à l'intérieur d'un confessionnal, et le pape François à genou à l'extérieur, implorant le pardon pour le rôle de l'Église dans le génocide.
Dans ce dessin, le pape demande également pardon pour une tentative d'assassinat contre l'ancien chef d'état-major rwandais (1994-2002) Faustin Kayumba Nyamwasa.
Sur Twitter le journaliste Richard Kwizera de Kigali Today demande si la suppression du tweet de New Vision est suffisante. Un tweet qui a également été supprimé.
Réfugié en Afrique du Sud, où il a fait l'objet d'au moins deux tentatives d'assassinat, M. Nyamwasa est un critique virulent de Paul Kagame.
Il l'accuse d'être l'instigateur de l'attentat contre l'ancien président rwandais Juvénal Habyarimana le 6 avril 1994, considéré comme l'élément déclencheur du génocide, qui a fait au moins 800.000 morts, essentiellement parmi la minorité tutsi.
Le dessin semble ainsi se moquer de M. Kagame, qui a une nouvelle fois réclamé la semaine passée que l'Église catholique présente des excuses en tant qu'institution pour son rôle dans le génocide.
L'Église catholique rwandaise a été à plusieurs reprises mise en cause pour sa proximité avec le régime hutu extrémiste de l'époque et pour l'implication de prêtres et de religieux dans les massacres.
Elle a déjà demandé pardon pour l'implication de certains de ses membres dans le génocide, mais estime n'avoir "pas participé au génocide" en tant qu'institution.
La caricature a été dès plus mal accueillies au Rwanda, où New Vision a été comparé dans de nombreux tweets au journal satyrique français Charlie Hebdo.
"La caricature d'aujourd'hui dans @NewVisionWire est au-delà du mauvais goût. Se moquer du génocide n'est pas amusant. C'est le nier. Inacceptable", a notamment twitté Yolande Makolo, directrice de la Communication à la présidence rwandaise.
Selon une source au sein de New Vision, le directeur du journal a personnellement appelé le président Kagame pour lui présenter ses excuses.
La rédactrice en chef du quotidien a précisé à l'AFP que la caricature avait été retirée de son site internet. "New Vision n'avait pas l'intention de minimiser le génocide", a-t-elle affirmé.